业主、专家、媒体曾多次质疑，维修资金“交钱时没商量、用钱时说不清”。在毕文强看来，这一方面是由于相关业主对政策宣传、相关规定了解不够，另一方面，在执行中也确实存在着许多现实困难。
曾经算出诸多“糊涂账”
北京市是所有城市中对维修资金使用情况公布得最详细及时的。最新数据显示，目前北京市累计归集维修资金314.93亿元，共有796个小区使用维修资金2.84亿元，涉及电梯、屋面防水等2783个项目。人们想知道，这两亿多元具体花到哪些和项目上，能否公示？但记者就这一问题约访相关部门，对方拒绝接受采访。
从已公布的情况来看，截至去年年底，西安市归集了55亿元维修资金，使用仅1386万元；截至去年8月，武汉市归集近50亿元资金，使用约5000多万元；截至去年8月，浙江省丽水市归集总额超过1亿元，使用仅20多万元，截至今年1月，天津市归集145.4亿元，使用仅7753.5万元……国内大多数城市已使用的维修资金只占归集总额的不到1%。
数以亿计的资金沉淀、闲置在政府的账户里，对业主意味着什么？
2006年，北京市开始试点：如果小区业主同意，可将这笔钱划转至小区分账户。新天第小区就是试点中第一个划转出来的小区。张大宪说，在划转之前，全市维修资金都存在政府指定的光大银行，利率按活期计算，约为0.72。小区把这笔钱划转出来后，可以改变增值方式，“这700多万元不可能短期用完，我们设定一笔钱用于应急，其余的有些存成一年定期存款，有些存成三年定期存款，利息就是原来的数倍。”到去年年底，新天第小区的维修资金由700多万元，变成近1000万元。
当时北京海淀区太月园小区业委会主任王嘉吾也算了笔账，该小区维修资金总额超过3000万元，按活期利率计算，一年下来利息收益20万元左右。如果把总额的10%存为一年定期存款，20%存为三年定期存款，70%存为五年定期款，每年利息超过150万元。为此，太月园小区也将资金划转出来。
全国多年来数以亿计的维修资金存在政府账户里，为何不“理财”？2006年9月以后，在北京市人大代表、政协委员和大量业主的质疑声中，北京市将维修资金年息从0.72%调整到3%。
围绕着维修资金，还有许多“糊涂账”。
2006年，广州市12个小区业主委员会联合维权称，开发商或物业公司挪用维修资金。此后公布的广州市房管局数据显示，1999年至2006年6月，广州市该项资金归集额应为37.8亿元，实收14.13亿元。此后，福州、深圳等多地也陆续出现维修资金被侵吞的案例。
毕文强律师认为，目前专项维修资金主要面临的问题有：第一，开发商侵占维修资金的情况突出。这笔钱本不该由房地产商管理，但现实中不少房地产商将其与房款捆绑收取，延时上缴，将部分资金挪作他用。第二，专项维修资金归集到政府部门后，在使用的具体程序上需要进一步规范。国内很多地方对这笔资金的收益如何使用还是一笔糊涂账。第三，目前申请使用这笔资金的程序和审批极为复杂，政府方面比较谨慎；而在业主共同决定时也会出现不一致的地方，从而导致实际上较难动用。
还有一些地方，出现了另一种“糊涂账”：据新华社2010年报道，国家已明确规定小区电梯更新费由维修资金支出，但安徽淮南出台了一条地方法规，要求当地所有房产开发企业在售房前必须缴纳每部25万元的“首次电梯更新费”，不交钱不发房屋预售许可证。
中国人民大学法学院教授刘俊海认为，目前维修资金存在种种问题，关键在于“不透明”：“维修资金涉及使用的过程中可能出现各种问题，业主少缴了、开发商少缴了、使用不规范了，但归结起来还是要透明，只有完全透明，政策才能到位。”