随着黄金72小时救援时间的结束，灾区的救援重点将从救人逐步转移到重建。但灾后还有很多问题需要防范，不能掉以轻心。一方面，频繁发生的余震和已经在部分地区出现的降雨极易导致次生灾害，另一方面，雨后湿润的环境易造成细菌滋生传播，再加上生活卫生设施毁坏严重、人畜尸体腐烂等原因，科学防疫工作迫在眉睫。同时，地震给人们带来的心理创伤也不能忽视，应及时进行心理干预。
防范次生灾害
山体滑坡与塌方
芦山县、宝兴县一带的地质地貌条件和汶川一样，很容易发生山体滑坡和塌方等地质灾害，而且目前已经发生了。中科院科技救灾专家组对芦山县太平镇、宝盛乡、龙门乡等三个乡镇的调查显示，三个乡镇共出现新滑坡、崩塌点1200余处。由地震引起的地面滑坡、崩塌现象较为突出，在余震影响下滚石、崩塌等险情会造成山区道路时常中断，给震后应急抢险造成困难。
泥石流
如果出现大的降水，则可能在滑坡或塌方的基础上出现泥石流，即大量雨水伴随着土石从山上泄下来。
堰塞湖
20日，地震致芦山县宝盛乡玉溪河一带形成一个堰塞湖。阻塞形成堰塞湖的土石方，土质很松软，很可能发生剧烈的垮塌，这样下游的居民就很危险。目前玉溪河堰塞湖已排空，险情解除。
水库溃坝
地震致雅安市5座水库的坝体出现裂缝，一旦发生水库溃坝，很多村镇会被水淹没。21日，5座出险小型水库已采取降低库水位、疏散下游群众等应急措施，险情得到控制。
防疫防病要点
确保食品安全
灾区群众要防止病从口入，勤洗手，喝开水，不吃生食、冷食和过夜的食物，对从废墟中“抢救”出的食物，切记煮熟煮透。
选择可靠水源
灾区选择水源的顺序是井水、河水、湖水、塘水。水井周围30米范围内，不能设置厕所、粪坑、垃圾堆，不能掩埋尸体。供饮用的河水水段应插上明显的标志。饮用水塘不能洗衣、洗菜、饮牲畜。
注意防虫防鼠
集中堆放废弃物垃圾，不随意丢弃；做好防蚊虫叮咬等措施；野外住宿时，应选择地势高和干燥的地方搭建工棚或帐篷，周围挖防鼠沟；保证临时搭建房和安置帐篷内空气流通，在可能的条件下，勤换衣物、勤晾被褥。
谨慎搭建厕所
震后管好粪便是突出问题。临时厕所、垃圾堆应选在饮用水源的下游。建临时垃圾坑及污水坑，要定期喷洒杀虫剂。
注意个人卫生
注意手部清洁，不用脏手揉眼睛。尽量勤洗澡、勤换衣。毛巾、脸盆、手帕单用，如不得已与病人共用，则健康人先用，病人后用，用完消毒洗净。照顾病人后，及时做好个人清洁。
政府应迅速安排防疫
政府相关部门要迅速安排专门卫生防疫力量，及时对灾区水源进行监测消毒，加强食品和饮用水卫生监测，妥善处理遇难者遗体，做好死亡动物、医疗废弃物、生活垃圾等的消毒和无害化处理，安置点配置净化水设备、杀菌消毒工具等。
震后心理干预
震后救灾和重建工作需充分考虑民众心理，避免出现无效甚至有害的干预行为。
政府的支持性信息，特别是通过电视、网络、广播等媒体传递的灾情信息、援助信息、物质信息、政策信息，是恢复民众安全感的关键。
通过对灾民的心理健康知识普及以减少未来心理创伤发病率。