中国水产研究院南海水产研究所研究员邱永松告诉《北京科技报》，港珠澳大桥建设之中和建成之后都会对中华白海豚的生态环境产生一些影响。在建设之中，人工填海、水下打桩等频繁的海上施工就会干扰白海豚的正常生活。
“白海豚习惯在固定的水域生活，而由于该水域要施工，势必会迫使其离开家园。那么，它们到了新的水域能否适应新的环境？能否找到足够的食物？这些都将是严峻的问题。” 邱永松担忧地说。同时，海上施工会产生一些海上垃圾，而这些海上垃圾会对水质产生污染，则使得白海豚更容易患病。
“更为重要的是白海豚是一种靠声音进行回声定位的动物，而海上施工的一些噪音以及海上作业会对白海豚的定位系统产生干扰，搁浅死亡的可能性大为增加。” 邱永松强调。比如：在挖海底隧道遇到礁石时，就要实施爆破。这种爆破就影响到白海豚的回声定位系统，爆破严重的甚至还会炸死白海豚。香港曾经在建新机场的时候，就发生过白海豚曾因水下爆破而被炸死的事件。
大桥建成之后的影响虽然目前还无法预计，但是邱永松认为，新建大桥之后，被迫离家的海豚还能否回到最初的栖息地？大桥是否会阻断珠江水域白海豚间的交流？桥上繁忙的交通是否会对白海豚产生危害？这些问题对白海豚的影响专家还不能确定。
而华南师范大学生命科学院教授江海声告诉《北京科技报》，大桥建成之后运营过程中，桥上车辆行驶产生桥体震动的次声波对白海豚回声定位的影响是不可避免的，将成为一种“隐形的杀手”。
江海声表示，动物都有躲避危害的能力，这座跨海大桥建成之后，桥下以及桥周围一些水域也不再会有白海豚。跨海大桥无形中将珠江的水域分割，这也使得白海豚的栖息地逐渐的破碎化。
其实，有关方面在港珠澳大桥修建以前就考虑到给中华白海豚带来的不利影响。
陈加林透露，港珠澳大桥施工方面有保护白海豚的具体措施。比如：对施工方打桩的音频就做了一个限定。因为倘若打桩的音频控制不好，白海豚一旦长时间经受这种音频的干扰，其回声定位系统就会出现紊乱，进而对其正常的生活产生影响，严重的还可能导致其搁浅死亡。
“不过，人们不用担心，如果施工方能严格按照这一规定去执行，就不会对白海豚的生活产生影响。”陈加林说。
曾参与研讨减少珠江生态影响相关议题的陈涛透露说，当时他们就提到，港珠澳大桥在填海建珠澳口岸人工岛时，应保证在500米范围内看不见白海豚才能施工。如果500米内看见了白海豚，那么就应该先驱赶之后才能施工。
“这一提议已经在大桥的可行性报告中有了明确的规定。”陈加林说，从今年的3月份，他们已开始对中华白海豚种群实施海上检测项目。这样做，一方面可以及时地监督海洋工程的施工情况，另一方面也可以及时调查中华白海豚的种群数量以及分布情况。通过今年的调查之后，他们会对中华白海豚的状况有一个新的了解。
陈涛表示，对中华白海豚的保护也绝对不能掉以轻心。保护中华白海豚的工作应一直持续下去，而不能只在某个海域要进行海上工程时，才引起关注。
“香港在调查和统计中华白海豚的研究工作中就做得很好。他们每年都会进行中华白海豚的调查工作。而我们也许只有在一些水域进行海上工程时，才会去评估这一物种的数量、分布等。这样极易造成物种统计数据出现断代的现象，从而不利于对整个种群的研究工作。”陈涛说。