随着科学技术的发展和人类社会的进步，耕作制度逐渐向科学化与系统化方向发展。
我国农业具有悠久的发展历史，经历了原始耕作制度、传统耕作制度和现代耕作制度3个阶段。丰富和完善的耕作制度是提高土地粮食综合生产能力、实现农业资源环境可持续发展、保障国家粮食安全的根本性战略措施。
耕作制度现状
近些年，现代耕作制度研究不断深入，研究成果不断涌现，为我国发展现代农业和增加农民收入作出了巨大贡献，主要体现在以下方面。
种植方式在广度和深度上的突破。复种和间作套种是我国现代农业种植方式区别于国外的基本特点。特别是上世纪80年代以来，我国种植方式集中体现在复种和间套作的突破性进展。例如西南丘陵地区的“麦—玉—豆”新三熟高效种植模式，广西地区的木薯与西瓜、花生、大豆等作物间作种植模式，华南地区的“菜—稻—菜”多熟高效种植模式，华北地区的“玉米—小麦”轮作种植模式，东北地区的“林粮（经）”间作复合生态种植模式等，对粮食和经济作物生产的稳定发展起到了重要作用。
作物布局和结构调整的发展。上世纪80年代以来，各地对作物布局和结构进行了适当调整，使资源得到较合理利用并取得显著效果。例如新疆地区加大了棉花的种植面积，使棉花生产优势得到进一步开发和利用，占全国棉花总产的比重不断扩大；东北地区花生面积逐年增加，创造了很好的经济效益。
土壤耕作制度的优化。近些年，各地提出一些适应不同生态类型区的土壤耕作技术。例如东北平原地区的深松耕作技术、浅旋耕作技术等，有利于蓄水保墒、提高抗旱能力，南方地区的少免耕技术、土壤轮耕技术等，不仅能促进作物增产，而且能防止土壤流失。
轮作制度向高产高效化方向发展。在轮作制度改革上，各地把高产高效作为一项重要内容。例如黑龙江垦区的玉米—大豆轮作，在改善了大豆连作障碍的同时，培肥了土壤地力；双季稻地区的稻菜轮作，既有利于双季稻换茬，又能肥田和增加农民收入；稻田的水旱轮作，解决了连续淹水种稻造成的耕层变浅、土壤板结等问题，又达到了节水增产的目的；华南地区的水稻与甘蔗、蔬菜、香蕉的轮作，既改善了土壤的性能，又提高了经济效益。
发展多种形式的旱作耕作制度。半干旱区在强调保持水土、减少水土流失的同时，注重增加作物单产和提高农民收入的结合。例如东北地区的保护性耕作技术、内蒙古地区的粮草轮作、甘肃和宁夏地区的砂田耕作制度等。
适于机械化的耕作制度的提升。随着我国农业机械化的发展，形成了一批机械化的耕作制度，例如黑龙江垦区大豆—玉米轮作机械化耕作制度，南方适于稻麦两熟的机械化耕作制度等。
另外，耕作制度理论研究也有了新的发展，如关于多熟制、土壤轮耕体系、连作、保护性耕作等问题，并在实践中得到充实和完善。
总之，我国耕作制度自新中国建立以来，逐渐合理利用自然资源，发挥地区优势，提高复种指数，在耕地日益减少的情况下，使农作物播种面积基本保持了稳定，促进了粮食和经济作物的全面协调发展，对我国粮食安全和生态安全、实现农业的可持续发展作出了巨大的贡献。
耕作制度存在的问题
我国耕作制度的主要问题集中体现在以下矛盾中。
首先，复种指数持续下降与国家粮食安全之间的矛盾。
这一矛盾主要是粮食播种面积减少与粮食增产的问题。虽然新中国成立以来，我国复种指数提高了近30个百分点，但进入20世纪90年代以来，南方的“冬闲田”面积持续增加、蔬菜产区的“夏闲田”面积逐渐扩大，据农业部最新统计，南方16省市区的冬季种植面积仅占耕地面积的60%，冬闲田面积有2亿多亩；在华南、长江流域和黄淮海地区的蔬菜集中产区的“夏闲田”面积超过5000万亩。