刚刚被宣布获得今年诺贝尔物理学奖的美籍日裔学者中山修二对日本的研究环境提出了批评，称日本学者面临的限制太多。与此同时，日本媒体也对日本今后的科技发展表示担忧，认为日本在科研经费投入、人才培养机制方面存在不足。
《朝日新闻》的报道称，获得今年诺贝尔物理学奖的日本学者的主要研究成果产生于上世纪80年代至90年代前半，当时日本的科研经费以每年10%至20%的增幅迅速增长。但是受财政困难等因素影响，日本从2000年开始在科研方面的经费投入再无明显增长。
与此同时，日本的人才培养状况也每况愈下。进入博士课程的人数在2003年达到顶峰后开始大幅减少，而且接受博士的工作岗位也有限，这使得很多博士研究生无法活动终身雇佣待遇的工作岗位，因此也无法踏实地开展研究。
此外，对于诺贝尔奖比较重视的基础研究，日本国内也出现不安的声音，认为基础研究有被弱化的倾向。日本政府文部科学省称，截止2012年的3年间，日本学者平均每年发表的科学论文数量为6万3928篇，增幅为5.4%，而20年前的增速为7.8%。
日本文部科学省2013年公布的一项针对一线研究人员的调查显示，研究人员认为，“与2001年前后相比，耗时长的研究和新领域的研究减少了”，“短期内能出成果、‘跟风型’的研究增加了”。