此外，第33卷第4期湖南农业大学学报(自然科学版)中的论文《栽培方式对超级杂交稻生理特性和产量的影响及其灰色关联度分析》、2007年《杂交水稻》杂志中的论文《超级稻两优0293在浙江仙居示范表现及高产栽培技术》等均将“两优0293”称为“超级水稻”。前者作者为吴朝晖、袁隆平等，后者作者为朱贵平、万宜珍等。
隆平高科执行总裁彭光剑解释说，“超级稻”分为农业部认定和省农业厅认定两种，“两优0293”属于后者，即通过湖南省农业厅认定，“‘两优0293’是由湖南省认定的一个超级稻品种。”彭光剑说道。这意味着，超级稻分为“国家认定”和“省级认定”两种，且名单品种并不一致。
彭光剑认为，农业部的说法只是说明“两优0293”不是农业部认定的超级稻：“(湖南省认定)当然有效，这本身就是两级认证机构。”彭光剑表示，两者并不冲突，“有国家认定的品种，也有各个省认定的品种，你不能说各个省自己认定的品种就不叫认定品种，只能说认定品种的级别不同。”
隆平高科或涉嫌虚假宣传
针对涉嫌虚假宣传的质疑，隆平高科表示，公司在产品内外包装上都对该品种易感稻瘟病做出了标注，也对大田生产给予了一定技术服务，包括短信提示天气异常、APP推送种植知识等，但由于稻瘟病的凶险程度非常高，这些措施并不能完全防止稻瘟病发生。同时，由于农户人数众多且分散，导致公司提供的相关售后服务效果不理想。
公开报道指出，安徽省种子管理总站的调查结果显示，2014年10月，安徽蚌埠、安庆、合肥、滁州、马鞍山、淮南等六市种植的“两优0293”发生大面积减产、绝收，受灾面积超过万亩。此后半年内，安徽省农业委员会下属的种子管理总站多次向国家农业部上书，要求重新审定超级稻“两优0293”的种植区域，希望“不再包含我省”。2015年3月以来，受灾农民与隆平高科在补偿数额上再起争端。
报道还质疑，迄今为止已有111个经农业部认定的超级稻品种推向市场。这些稻种是否真的像破世界纪录时那般“超级”?为全国增产增收贡献几许?为何在业内田间总是争议不断?
另据了解，今年2月10日即有媒体公开报道此事，安徽省蚌埠市农民反映，当地去年1万多亩稻田出现大面积减产，部分绝收，“两优0293”被认为是问题稻种。当地官方认定，天气是导致农民受损的主要原因，被指销售涉事稻种的公司亦否认“虚假宣传”等指控，但部分农民未停止维权。
当时隆平高科董事会秘书陈志新对外界表示，“两优0293”销售、宣传中是否存在虚假和欺骗，他不予评论。