尽管已于大年初三恢复了训练，但孙杨的训练依旧没有恢复正常，和教练朱志根的矛盾也没有完全消弭，因此最近一段时间，孙杨更多的时间都是在单独训练，偶尔还要往返于北京和杭州，为他受伤的右肩做些检查和治疗。
从去年年末的昆明冬训算起，围绕着女友和教练的各种纷扰，让孙杨始终没能进行正常而系统的训练，这对于4月1日即将参加全国游泳冠军赛的“大白”来说，显然不是好消息。作为7月世锦赛的选拔赛，此次冠军赛的意义不言而喻。“孙杨虽然底子好，但之前的冬训因为各种各样的问题没能很好地完成，肯定对他今年的成绩有所影响。”新华社游泳专项记者周欣就曾表示过类似的观点，而冬训的不系统也是朱志根此前最为生气的一点。
为此，2月19日，国家体育总局的两位领导专程飞抵杭州，协调孙杨和朱志根的矛盾。“双方基本达成了初步的意向，其中最重要的一点就是要求孙杨必须尽快恢复系统训练。”据浙江体育职业技术学院副院长张亚东透露，孙杨恢复正常训练的时间定在了3月1日，“如果没有特殊的情况，应该不会变。”
尽管没有正面回答，但从种种迹象可以看出，一旦孙杨恢复正常训练，那么也将意味着他和朱志根的冷战将暂时告一段落。考虑到恢复需要时间，在冠军赛前再赴高原集训已经变得不太合适，至于究竟是在北京还是在杭州进行训练，学院方面仍然需要最后定夺。“孙杨现在经常会变换训练地点，比如昨天在学院，而前段时间就在北京。”张亚东说道。
据熟悉孙杨的知情人士透露，孙杨之所以经常往返于北京和杭州，最主要的还是治疗他的肩伤。“除夕前的那次赴京，孙杨因故没有在陈方灿博士那里完成治疗，所以大年初三归队后，他又去了一次，17日就返回了杭州。”