北京国际马拉松赛11月25日鸣枪，大约3万名选手在零度以下的严寒天气中展开了角逐。日本媒体有报道称，受中日关系恶化影响，日本选手“曾一度无法报名参加本次比赛”，后来主办方改变了做法，并出于安全考虑采取一定措施，让日本选手受“特殊照顾”。
日本共同社11月25日报道称，在受到来自日本政府和中国国内的“批评”后，主办赛事的中国田径协会改变了拒绝日本选手报名的做法。在当天的比赛中，有的日本选手身着了印有中日国民交流友好年标记的文化衫。
报道透露称，赛事主办方以中日关系处于紧张状态、出于安全考虑为由，为日本参赛者单独划出了的集合地，并使用大巴将他们送至起跑点。
一名参赛的日本女性表示：“沿途受到声援，跑得相当愉快。我对边跑边打出标语的中国人也喊了‘加油’，对方都报以笑容。”
针对日本媒体关于“北京马拉松拒绝日本人参赛”的报道，国家体育总局田管中心副主任、中国田径协会副主席沈纯德已于11月11日作出正面回应表示否定，并介绍说：“按照去年报名的情况，日本国籍的马拉松爱好者通过网络进行个人报名的情况极为个别，基本都是通过日本企业等途径进行的团体报名。我们今年仍然是按照去年的方式接受日本马拉松爱好者的团体报名，因为这样便于日本参赛选手之间互相照顾，在领取参赛号码和服装等方面也便于操作，因此北京马拉松的官方网站没有开放对日本爱好者的个人报名。”
沈纯德进而表示：“我们也注意到了日本媒体的报道，既然日本马拉松爱好者如此踊跃的愿意通过个人报名的方式来参赛，那么我们就开放个人报名渠道给他们!北京马拉松永远以开放的姿态欢迎世界各地的爱好者前来参赛、感受开放的北京、感受开放的中国。”