虽然何皇后照旧当她的皇后，可是董太后却不放心了。忙把刘协要过来亲自扶养，生怕母亡后子又被宫中暗害。为了掩人耳目保证这个不幸的孤儿的生存安全，便隐去了真实姓名，而是对人说这个孩子是董家的子孙，让人们称他为“董侯”，因而宫中只知有“董侯”而不知有刘协这么一个皇子，因此刘协总算平安长大。到了9岁时父亲灵帝又去世，好在还有一个奶奶董太后，否则刘协就更惨了，只何皇后一个便早要了他的小命。太后毕竟是婆母，何皇后并不敢去太后宫中撒野为恶。
政治命运
政治命运:一个一生连做坏事的权力和机会都没有的皇帝 ——登基便被专政，先后历董卓、王允、李傕专政；先被强迁长安成为军阀争来夺去的“战利品”，后东归洛阳如丧家之犬衣食无着夙夜潜逃被一路追杀劫夺，天子尊严荡然无存
汉献帝深受人们的同情，与他一生坎坷的政治命运有关。
汉灵帝一去世，何皇后与其兄大将军何进马上策立17岁的皇子刘辩为皇帝，封皇弟刘协为勃海王，不久又改封为陈留王。这些都不违祖制，都属正常。问题出在这少帝刘辩虽已17岁，可是升为太后的何皇后还是要效仿前朝故事，非要临朝听政，并与家兄大将军何进一家把持朝政。这又导致了宫乱，出现后党、宦党、朝臣的交相党争。宦官和朝臣多反对后党，何进尤受阉宦威胁，于是便招引外兵入朝干政。董卓乘机入朝专政，废了少帝刘辩为弘农王，后来又残忍地把他毒死，而立刘协为帝。这年刘协才不过9岁。
由于董卓专政，擅行废立，滥杀无辜、祸害后宫、凌辱王室；他带来的凉州羌胡兵又肆意践踏荼毒京师，无论官民皆深受其害，惹得天下汹汹，便有关东群雄讨董卓的大战发生。公元190年各路讨伐军会盟于洛阳附近的孟津，推袁绍为盟主，但无人敢先与董卓开战。于是董卓一面火烧洛阳200里，强行迁都把汉献帝送到长安；一面在洛阳迎战各路讨伐大军。尽管各路讨伐军兵众达十数万人，但乌合之众，大约只有一年多的时间就被董卓粉碎。与其如此说还不如说是这些大小军阀们各自作鸟兽散。因为大概只有三路讨伐军与董卓交过战，其余十几路讨伐军根本就不战而走。一来怕董卓，二来各自保存实力而已。
最先开战的是曹操，独自一军只有几千人，在洛阳西部的荥阳与董卓部将徐荣血战一天，被打得大败几乎全军覆灭，身受箭伤的曹操乘夜逃走遇阻于河。亏得曹洪寻找到一条破船，才得以脱身。第二个开战的是洛阳北部的河内太守王匡的讨伐部队，但在河南平县附近小平津黄河渡口北岸被董卓派兵击破，全军覆灭。第三支队伍是从洛阳南部单独进攻的长沙太守孙坚，初战也被徐荣打败。逃到河南汝阳一带整顿残部充实军备，大破前来追剿的董卓所派的中郎将胡轸；之后又大破董卓的干儿子吕布，攻下了废都洛阳。董卓吓得跑回了长安，只留下部将们沿途布防。可是这时袁绍却派人袭击孙坚的后路。孙坚只能长叹而归。轰轰烈烈的讨伐运动就这样结束了。兴师动众，传檄之下，十几万大军打不过董卓，并没有把汉献帝解救出来，汉献帝仍在董卓手中。
公元192年，汉朝司徒王允收买了吕布，谋杀了董卓，全长安城都喝酒放鞭炮祝贺，酒店为之一空，就如我国上个世纪“四人帮”垮台一样。这固然是一件好事，但对于汉献帝而言，却令他陷入了更大的灾难之中。
董卓死后，王允、吕布把持朝政，这是二人联合专政时期，汉献帝仍是傀儡。由于王允、吕布都是并州人，董卓留在洛阳的部将李傕、郭汜就把军中的数百名并州籍的男女尽数杀光。但屯驻在陕县的凉州兵牛辅一部内乱，牛辅被部下杀死，部众四散无归。李傕等人害怕生乱便派人到长安请求赦免。但王允无视董卓扔在洛阳的西凉兵众。这些羌胡兵被董卓的讨虏校尉贾诩说动:与其坐以待毙，不如舍死一搏，没准能夺取朝了政。西凉兵在李傕、郭汜的统率下向西杀奔长安为董卓报仇，部众聚啸达10余万人，到了长安城下，又与董卓另一部将樊稠所率领的凉州兵会合，声势大振，只用了10余天便攻破长安。吕布逃走，王允被杀，汉献帝又成了孤家寡人被丢在长安。李、郭二将把持朝政后，那个小小的校尉贾诩当上了尚书，真的把持了朝政，以朝廷名义开始号令天下了，而仍把汉献帝当成傀儡。这是李、郭、樊三人专政时期，以贾为谋主。但这贾诩自知李、郭两个西凉兵痞绝不足以成大事，便向献帝献殷勤。李、郭二将几次想谋害献帝，都被贾诩化解了。汉献帝对贾诩是感恩戴德不已。但后来他又投奔了张绣、曹操，成为曹魏的大臣。献帝在长安由三人专政达6年之久。