原来，研究人员认为这一举动直接威胁到工作人员的健康。张树义研究员介绍，蝙蝠有可能携带病毒，如狂犬病毒，如果不小心被蝙蝠咬伤，后果不堪设想。另外，张树义研究员认为“蝙蝠是有益的动物类群，绝对不能因为保护古建筑而伤害它们。”
就像大禹治水一样，对付蝙蝠要用疏导的办法。
王毅男博士说，可以为蝙蝠在附近建一个新家——蝙蝠屋。蝙蝠屋应该能防雨，因为蝙蝠不喜欢潮湿，室内比较黑，因为蝙蝠是夜行动物，喜欢黑暗。另外，张树义研究员还建议工作人员把寺里的环境变化一下，让它住得越来越不舒服。比如蝙蝠不喜欢光，那就适当加强独乐寺的光亮；再比如它习惯腥臭的气味，就让独乐寺的气味变得清爽一点。