计划惹争议：
别打扰达·芬奇遗骸安宁
然而，对达·芬奇遗骸“开棺验尸”的计划也在科学界和历史学界引起了激烈的争议，许多达·芬奇研究专家都认为《蒙娜丽莎》是达·芬奇自画像的说法过于荒诞不经，他们认为科学家们不应该去打扰达·芬奇遗骸的安宁。
美国加州盖蒂博物馆绘画馆前馆长尼古拉斯·特纳接受记者采访时说：“《蒙娜丽莎》是莱昂纳多自画像的说法听起来实在有点离奇和疯狂。我们知道蒙娜丽莎是某个特定的人，她曾经真实存在过，而这是她的肖像画。如果莱昂纳多听到所有这些荒唐的理论，他在九泉之下也一定会哈哈大笑的。”（欧阳）
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蒙娜丽莎“身份”多
据悉，《蒙娜丽莎》的真实身份数百年来一直众说纷纭。除了是达·芬奇自画像的说法外，目前还有以下几种主要的猜测。
一种流传最广的说法是，蒙娜丽莎是意大利佛罗伦萨富商弗朗西斯科·吉奥康多的妻子丽莎·格拉尔迪尼。
第二种说法是，《蒙娜丽莎》是达·芬奇为母亲所画的肖像画，出于某种不为人知的原因，达·芬奇没有标明这幅画是为母亲所作。
第三种说法是，蒙娜丽莎是意大利传奇女子斯福尔扎，斯福尔扎是米兰公爵的私生女，在文艺复兴时期的意大利是位既漂亮又勇敢的传奇女子，还有“悍妇”之称。她在15岁时嫁给了教皇西克思图斯四世的侄儿，聘礼是弗利和伊莫拉两座城市。她的第一任丈夫、情人与第二任丈夫都先后被杀。斯福尔扎的家族后来在与博尔吉亚家族的争斗中失败，她在城破后被囚一年，斯福尔扎获释8年后离开了人世。
第四种说法是，画中的蒙娜丽莎压根不是良家女子，而是一名妓女。那不勒斯的卡罗·维斯教授更认为，蒙娜丽莎是一名高级妓女，达·芬奇捕捉到了一名职业诱惑者的迷人微笑。