然而，木村政昭认为这些建筑结构大约建造于6000年前，当时这个古老的城市还处于海平面之上。最近，木村政昭又宣称这些建筑结构可能建造于3000到2000年前，因为当时的海平面已接近20世纪的水平。后来，由于地质运动，导致这片土地沉没于海水之下。
对于木村政昭的猜测，其他考古学家进行了反驳。加拿大英属哥伦比亚大学东亚考古专家理查德-皮尔森认为，与那国岛出土的文物表明那里的人类文明可以追溯到公元前2000到2500年。当时，那里的人类群体非常小，不可能拥有如此非凡的能力建造这些巨大的石材结构。而且台湾距离与那国岛很近，虽然台湾人民那时已经开始用石头建造房屋，但在台湾也没有发现任何与与那国岛相似的证据。
不管专家们如何辩论，但这些巨大的神奇结构确实存在。在今天，即使不用专业的潜水设备，人们都可以很容易看到这些鬼斧神工般的岩层。无论是天然之城也好，还是沉没的远古文明也好，这片水下奇迹留下的众多谜团吸引了世界各地大批游客和考古爱好者的猎奇。