此后十余年时间里，企业养老保险制度改革不断深化，相关法律法规逐步完善，养老保险体系初具规模。相形之下，机关事业单位的养老保险制度改革却一直停留在探索和试点阶段，在基本制度层面仍沿用上世纪50年代建立的退休制度。
2008年，《事业单位工作人员养老保险制度改革试点方案》出台，在山西、上海、浙江、广东和重庆五省市启动试点。这是我国首个有关公职人员养老保险制度改革的统一方案。但由于担心养老待遇大幅下降，因而遭到事业单位人员的广泛抵触。
中国人民大学中国社会保障研究中心副教授杨俊告诉记者，现在机关事业单位退休人员中有约7%是参加了基本养老保险的。当前最大的问题出在机关、事业单位及企业养老金改革不同步，这与建立公平社会的公众期许形成严重落差。
改革方向：整合制度碎片 实现全国统筹
不同养老保险模式分歧严重，碎片化有碍养老保险制度公平有序发展。弥合制度差异已成为业内专家的普遍共识。
褚福灵认为，按照《社会保险法》和中国社会保障“十二五规划”要求，我国将来要逐步实行社会保险制度，也就是全民都参与缴费，退休制度要逐步退出，这是不容置疑的改革方向。目前争议点是在于如何改革才能更公平、公正。
“不同人群的养老待遇为何差异巨大？主要原因就在于制度不统一。” 中国社科院世界社保研究中心副秘书长齐传钧对记者表示，“在这种局面下，哪怕你比我高出10元、20元，我也会心里不舒服，要通过顶层设计打通不同制度，起码在基本养老保险层面实现共通。”
在改革方向上，褚福灵主张“基于现实又超越现实”，建议仿效日本模式，即建立一个水平较低的国民基础养老金，可能只相当于最低生活保障的50%，但要面向全民开放，以彰显“人人享有”的社会公平，也能体现政府责任。
“在此基础上，职工养老金继续保留，包括职业年金、个人储蓄账户之类的补充养老保险继续完善，既兼顾了公平，也讲求了效率，政府的责任边界也得以厘清。”褚福灵说。
齐传钧则补充指出，新农保与城镇职工养老保险制度也应得以衔接，否则严重影响劳动力在全国的合理流动。如果劳动力在市场配置受阻，也会制约经济领域改革进程。
杨俊认为，制度不统一还体现在养老保险尚未实现全国统筹，而这是解决养老金诸多问题的“牛鼻子”。如果继续按照现有的分散模式，随着城镇化的发展，更多劳动力从农村涌入，地方缺口与地方结余并存的矛盾会一直延续，对计算养老金缺口也失去了参照意义。
多模式制度融合成趋势
按照十八大提出“全覆盖、保基本、多层次、可持续”的方针，社会保障制度改革顶层设计的重点是保证可持续性，增强公平性，适应流动性。
据人社部透露，全国所有县级行政区全部开展新型农村和城镇居民社会养老保险工作，养老保险制度已基本实现全覆盖。截至今年10月，职工和城乡居民养老保险人数合计8.06亿人。
事实上，我国目前已建立了包括城镇企业职工养老保险(简称“职保”)、新型农村社会养老保险(简称“新农保”)和城镇居民社会养老保险(简称“城居保”)三种制度在内的城乡基本养老保险制度，可以覆盖我国大部分人口。但目前，随着城镇化进程的加快，三种保险重复参保率也一直在增加。基本养老各项制度分人群设计，相互间尚未制定衔接办法，全覆盖一定程度上造成了重复参保率相当高。
随着制度精细化完善阶段，一些针对“碎片化”的制度设计正渐出台。为解决重复参保及统一保险账户，人社部在2012年11月就《城乡养老保险制度衔接暂行办法》征求民意，拟规定参加职保、新农保、城居保，参保两种或两种以上人员，可衔接转换养老保险。其中“职保缴满15年，可从新农保或城居保转入职保”等新做法，透露出制度融合的趋势。