其次是过敏反应问题。对于一种食物过敏的人有时还会对一种以前他们不过敏的食物产生过敏，比如：科学家将玉米的某一段基因加入到核桃、小麦和贝类动物的基因中，蛋白质也随基因加了进去，那么，以前吃玉米过敏的人就可能对这些核桃、小麦和贝类食品过敏。
此外，科学家们认为外来基因会以一种人们当前还不甚了解的方式破坏食物中的营养成分。而当科学家把一个外来基因加入到植物或细菌中去，这个基因会与别的基因连接在一起。人们在食用了这种改良食物后，食物会在人体内将抗药性基因传给致病的细菌，使人体产生抗药性。
在美国，目前有20个左右的州掀起在食品包装上“标注转基因”运动。由于20多年来转基因作物都是由种子公司在推动，因此有关这些公司“转基因阴谋”的观点得到认同。孟山都便因为转基因种子一直遭受诟病。
但值得注意的是，虽然目前在全球范围内，对转基因玉米、大豆、棉花等作物的质疑和反对声不绝于耳，实际上，作为世界农业增产的重要手段，“转基因化”已成世界农业发展的大势所趋。即使原先对转基因作物持强烈反对态度的欧盟，也早已批准种植多种转基因作物。
“因为受了一些宣传的影响，民众可能会产生迷惑。实际上美国从1996年到现在已经推广了17年，全世界75%的国家都生产、进口了转基因作物。”中国农业大学教授、中国工程院院士戴景瑞指出，到目前为止没有任何一个人，没有任何一个环境受到转基因食品的危害，少数人把转基因妖魔化，是不负责任的。
安全性尚无定论
很长时间以来，有很多人在问：“转基因作物对人体真的安全吗？”然而，一直以来深陷“有毒”漩涡的转基因作物，却无法回答。因为它面临着一个尴尬现实：安全性始终没有最终定论。这也使得围绕转基因的争论，一直在继续。
“没有一个人因为食用转基因食品而生病，更没有人致死。”美国植物细胞生物学家布鲁姆瓦尔德表示，人们对转基因作物安全性的担心主要出于不了解，认为转基因属于非自然的育种方式，存在安全隐患。实际上，动植物在自然状态下也会出现基因突变，转基因不过是运用人类之手，有选择地引导基因变化而已，这只是人类漫长育种史的一个发展阶段，今后还会有更先进的育种方式产生。
事实上，国际上一些重要的食品安全相关的组织都认可了转基因的安全性，譬如说联合国粮农组织、世界卫生组织、欧盟委员会、美国科学院、美国食品药品管理局（FDA）都确认转基因食品的安全性。在转基因领域科学家看来，转基因粮食在增产和抗虫害等方面就有着极大的贡献。
联合国粮农组织2011年公布数据显示，世界市场上82％的棉花和75％的大豆都已经转基因化。据总部设在美国的国际农业生物技术应用服务组织介绍，自上世纪90年代中期起转基因作物在全球范围推广种植，2011年全球转基因作物种植面积达到1.6亿公顷，包括德国、西班牙等欧盟国家在内的29个国家已批准24种转基因作物的商业化种植。世界卫生组织2005年发布报告说，国际市场上交易的转基因作物均经过严格审核，在大量实践中并未发现危害人类生命健康的事例。
据了解，全球至今没有完全公开转基因物种的详细报告，所以大众对于转基因食品或者作物都会存在疑虑的心理。食品安全专家董金狮表示，目前中国视同转基因食品是无害的，“因为在现有的试验科学条件下，没有结论证明转基因食品对人体一定有危害，但也不能证明一定无害，所以视同无害。”
在中央民族大学生命与环境科学学院首席科学家薛达元看来，“转基因是否有害，说不清楚”。因为一些机构做的一些实验，说转基因对健康是有危害的，但是这个报告出来之后，后面总是被否定的。“这里面一种情况就是它真的可能对健康不会有那么大的问题，第二种情况也可能是生物技术公司势力比较强大，施加了压力，所以究竟是哪一种没有办法区别。”