台湾当局领导人马英九１０日上午表示，台湾方面将对菲律宾公务船射杀屏东县一渔民致死一事追究到底，已要求菲律宾政府就事件正式道歉、缉拿凶手、进行赔偿。
台湾当局涉外事务主管部门官员石定当天上午约见了菲律宾驻台代表白熙礼。约见结束后，白熙礼称，事件是一起悲剧，向身亡船员家属表示抱歉和慰问。菲方执法机构愿与台湾执法机构对事件进行联合调查，确定事发地点及开枪原因，如果确有违法行为，菲方将依法进行处置。
随后，台湾涉外部门负责人林永乐在记者会上表示，出事海域为台湾与菲律宾“重叠经济海域”，没有达成渔业作业安排。但在任何情况下，菲律宾公务船都不应攻击台湾渔船，且造成渔船严重受损、船员死亡，菲方对此应负完全责任。目前重点是处理事件，进行搜证、缉凶等后续处理。
据台湾当局“海岸巡防署”通报，９日上午９时４５分左右，屏东县琉球籍“广大兴２８号”渔船在鹅銮鼻东南方１６０多海里处，遭菲律宾渔业和水产局公务船开枪射击。在渔船全速往东北方向逃离时，菲律宾公务船仍紧追不舍约１小时。事件造成船员洪石成身亡，渔船严重受损，船体四周共有３２个弹孔，渔船自动舵液压油管漏油、ＧＰＳ损坏，失去动力。
据悉，出事渔船上共有４名船员，除６５岁的洪石成外，还有船长洪育智、船员洪介上和一名印尼籍渔工。该船预计１１日４时左右，被拖带返抵屏东小琉球海域。
事发后，台“海巡署”９日下午调派海巡船“台南舰”赶赴现场救援，于当天１８时与“广大兴２８号”渔船会合。
台“海巡署”１０日还宣布，为维护台湾渔船在南方“经济海域”作业安全，每日将增派至２艘大型巡防舰船在该海域巡护，提升机动应急处理能力。