早在台北101大楼规划阶段，岛内便有影响松山机场航道的讨论，2001年“9·11”恐怖袭击事件后，类似讨论更多。2008年马英九上任后与大陆开启两岸直航，台军方的心态更为复杂，始终放不下安全方面的顾虑。台“国防部”曾公开表示，“两岸直航可能压缩台军现有战备预警及反应时间，切割海、空训练空域，暴露空防战力要点，对台湾安全势必造成影响”。台军方认为，解放军“可利用客机及商船，合法穿越台海上空，进入台属海域进行侦察、渗透和突袭”，甚至猜测大陆可能利用客机和商船搭载军人，上演“木马屠城”，到达台湾的机场或港口后一举“解除台军武装”或攻击要害目标。
《中国时报》直言，台军一直没有停止针对两岸直航的军事准备，各直航机场港口都部署了应变部队，在必要时执行反空降任务;宪兵和陆战特勤队也以反恐、反劫持和反特攻为主要任务，万一真的发生民航机遭劫持状况，台湾防空系统可以轻易掌握飞机动态，采取进一步手段，其中包括迫使遭劫持飞机降落，“是否包括其他手段，属于极为敏感且艰难的决定，相关单位绝对不会对外说明”。文章也承认，两岸直航几年来，除了班机误点外，从未发生更严重的状况，马英九2014年曾在国民党中常会特别提到这一点，“当年我们主张两岸直航的时候，也有反对党的立委担心大陆民航机过来后面会跟着战斗机……各位，已经飞了几年了，有没有战斗机来呢？都没有啊!”(林 曦)