海南省农业厅接报后高度重视，11月2日和3日组织由中国热带农业科学院的9名专家组成的专家组，到东方现场调查。经专家调查分析认定，这些瓜农种植的西瓜种子有严重的质量问题。
专家组对在东方市种植的“台湾新一号”无籽西瓜进行认真比对：认定瓜农使用的“台湾新一号”无籽西瓜种子，如果和“新一号”无籽西瓜种子为同一品种，则判定“台湾新一号”为假种子；如果“新一号”与“台湾新一号”不是同一个品种，则判定“台湾新一号”品种适应性差，不适合在海南推广种植。
瓜农损失数千万元
符敦新称，每种植一亩西瓜，约需要6000元的成本，按照以往的收成，一亩西瓜产出一万斤西瓜，每斤西瓜按一元钱计算，每亩西瓜的经济收入在1万元左右，但种子出问题让这一切都化为乌有。全部瓜农直接经济损失高达四千多万元。
在专家认定问题出在西瓜种子上之后，种植受损的瓜农分头找到嫁接育苗场老板，要求对他们的损失进行赔偿。但部分育苗场老板却不愿为此承担责任，他们认为，该西瓜种子由福建一家种子公司提供，赔偿也应该由种子公司进行。
在有关部门的协调下，提供种苗的福建厦门金博大种苗公司表示愿意按照1000元/亩的标准赔偿受损农户。育苗场老板也同意对瓜农进行相应的赔偿，但不是现金方式，而是来年以种苗赔偿。
但种植户均认为损失过大，该赔偿过低，不愿接受，而且部分瓜农经历了此次波折后，再也没有本钱种瓜，那么就无法得到种苗场的赔偿，因此坚持要求现金赔偿。于是，协商赔偿一事被僵持下来。
据符敦新说，到目前为止，瓜农尚未拿到任何赔偿。
省委书记震怒
11月18日，部分瓜农以西瓜协会的名义，将该情况反映给了海南省农业厅等有关部门。
海南省委书记卫留成在得知这些瓜农的遭遇后异常震怒，立即做出相应批示，要求有关部门尽快进行调查，还瓜农们一个公道。
随后，海南省农业厅厅长肖杰指令该厅执法稽查处、种子办等有关处室抽调人员组成案件督导组，会同工商等部门人员兵分三路赶赴东方、文昌等市县进行调查。
11月24日下午，省农业厅执法稽查处有关人士告诉记者，目前调查尚未结束：“瓜农称他们买到的是假种苗，目前还不能断定真假的问题，因为专家的调查结果没有出来。”该人士称，根据专家意见，目前至少有一点是可以肯定的，“台湾新一号”不适合在海南种植。
“现在事情涉及到3方面的责任：一是提供种苗的种子公司，这家种子公司是福建厦门的一家公司；二是嫁接育苗场方，他们是销售方；另外就是农民自身的责任。”该人士表示，之前这些瓜农种植的是“新一号”，但未出现类似的情况。至于“台湾新一号”与“新一号”是不是同一个品种，目前专家正在做相关的调查。
3400亩种植户已签赔偿协议
11月24日下午，记者电话采访了正在东方等市县处理该事件的海南省农业厅执法稽查处林处长。林处长表示，目前对瓜农的赔偿问题正在协商解决，大部分农户已经与种子公司、育苗场方面达成了赔偿协议。福建厦门金博大种苗公司支付的100多万元补偿款已经到位，下一步会逐步发放给受损瓜农。
林处长介绍称，受损瓜地面积一共有4700亩左右，到目前为止，已经有3400亩的种植户与提供种苗的种子公司、育苗场签订了协议，同意协商赔偿。林处长表示，现在的赔偿标准是，由提供该西瓜品种的种子公司向农户进行1000元/亩的赔偿，育苗场也按照1000元/亩的标准进行赔偿，“一共有9个育苗场，各个育苗场对应各自的农户，但不是现金赔偿，而是来年用种苗的方式，进行冲抵。”