经初步鉴定，这些头骨以年轻女性居多，部分头骨有明显的砍斫痕迹，个别还有灼烧迹象。考古人员推测：这些头骨可能用于4300年前城墙修建时的奠基或祭祀活动。
改写中华文明的起源
2012年10月，中国考古学会、国家文物局、陕西省文物局、中国社科院考古研究所、国家博物馆等40余位考古专家，对神木县石峁遗址发掘现场进行了联合考察。
“我看了以后感觉十分震撼！”中国考古学会理事长张忠培先生认为，该遗址的价值不是今天就能完全认识到位的。河套地区规模最大的石头城、用玉器来表现文化、黄河腹地二里头文化之外另一个重要遗址，这些都足以体现了遗址的重要性。
著名考古学家李伯谦先生认为，石峁遗址的发现，为中国文明起源形成的多元性和发展过程提供了全新的研究资料。
陕西省考古研究院认为，这4000多年前的史前最大城址，门址、石城墙、墩台、“门塾”、内外“瓮城”等重要遗迹体量巨大、结构复杂、构筑技术先进；初步认定石峁城址最早当修建于龙山中期或略晚，兴盛于龙山晚期，夏时期毁弃，属于我国北方地区一个超大型中心聚落。
新快报记者对话三位考古学家
“这古城，我们有太多不知道”
●对话人物：陕西省考古研究院院长助理、神木石峁遗址考古队领队孙周勇陕西省考古研究院研究员、商周研究部前部长张天恩
中国社会科学院考古所研究员、夏商周考古研究室主任兼二里头工作队队长许宏
玉器是有意埋进城墙里的
记者：石峁遗址的发现比较久了。为什么选择在2012年启动发掘？
张天恩：2011年对遗址做了一个全面的勘查，发现这个城非常大，400多万平方米，龙山时期最大的城。过去文物普查的时候知道有城，但并没有想到规模有这么大，没有引起足够的重视。发现后，2012年就动工了。
记者：发掘出的玉器是建城时埋进墙里去的吗？还是后面放进去的？
孙周勇：具体原因目前还不能解释，但可以讲我们观察到的现象。玉器是有意埋藏进去的，在修建过程中。这个很难理解，很可能是跟祭祀礼仪宗教活动有关。
记者：埋那么多人的头骨也跟祭祀有关？
孙周勇：对，应该也跟造城时的祭祀有关。这座城，证实在公元前2000年-2500年的时候，北方有一个很大的集团中心。至于它是谁的，我们还没法说。过去，我们以为北方不是那么发达，是蛮荒之地。但现在，知道那时有类似现在有北京、有西安、有广州这样的格局。
它存在于华夏形成之前
记者：现在知道这座城有几个城门？
孙周勇：内城和外城各有东城门，其他的不好确定。外城的东城门在全城最高处，有防御性的作用，便于了望观察。
记者：在石峁古城存续期间，那块土地属于谁的势力范围？是不是华夏之域？
许宏：没有文字记载，不知道是哪个邦国的。石峁城址应该是一处区域性的中心吧。
孙周勇：它存在于华夏形成之前，也不在后来华夏的区域。张天恩：它属于哪个部族，没有说法，找不到记载——我翻的所有的书上都没有。这个考古应该是中国北方地区文明最重要的发现。
记者：如此宏大的规模，您认为它可能是一个什么样的城市？是不是一座都城？
孙周勇：“都城”的概念，那时不一定有。我倾向于酋帮，就是部落，大的集团，这个城址是大的势力范围控制的一个中心。
许宏：石峁是当时那一带最大的城址，如有都城，它就应该是。
张天恩：地域性都城，相当于中原地区夏朝的都城。它就是龙山时期最大的城。