据了解，2008年国土部开始研究制定小产权房的相关处理意见。各地此前也在等待着国土部的大原则来确定各自的处理办法。
2012年上半年，北京开始了集中清理整治“小产权房”。当年9月公布了首批79个“小产权房”项目，今年6月又公布了第二批6个项目。
不过，这次北京对于“小产权房”的风暴，刮向的主要是在建和在售的“小产权房”项目，而已售的“小产权房”由于情况复杂，在处理方面，政府还是较为谨慎。
■ 交锋
党国英
“从不合法到合法是大势所趋”
社科院农村发展研究所研究员党国英认为，如果按照字面的范围，农村经营性建设用地实际上规模很小，就算全部入市，也不会对目前的土地市场造成冲击。但是，党国英认为，现在的规划和用途管制有很多问题。我国现在虽然出台城乡规划法，但乡村规划仍非常随意，如果不修改规划法，那么农村可能就按照自己的利益，随意修改规划，使得几十万行政村都可以入市。
另外，党国英认为，《决定》出台后，有可能导致大量农村“小产权房”成为合法的建筑。党国英认为，这是改革大势所趋，虽然原来不合法，但是改革的大势所趋之下，让原来一些不合法的事情变得合法，也是一种和解，“无非是一部分农民得到一些利益。改革不应只计较这个。”
华生
“小产权房入市破坏社会公正”
经济学家华生认为，小产权房不符合法治国家的精神，他并不看好小产权房转正，如果小产权房转正那就是在鼓励违法，让人产生法不责众的错觉。
华生在其博客中写道，能盖小产权房的农民不是广大农村的绝大多数农民，而是城中村和城郊的原住民。在用途和规划管制下，规划就是钱，原住民的土地无权自由流转入市获益，否则，既破坏了社会公正，也是对占人口绝大多数的外来进城农民利益的挤压和伤害。
河北大学中国乡村建设研究中心研究员李昌平认为，在没有修改法律的情况下，就应该严格执行法律，该查处就查处，该处罚得处罚。如果现在不处理“小产权房”，而是一下子全部“转正”，这就意味着违反现有法律，把一切违法合法化，“会带来严重的后果。”
■ 探访
太玉园小区 原住村民不愿“转正”
位于通州区土桥城铁站附近的太玉园小区，以北京乃至全国最大的小产权房住宅区而闻名。国芙蓉是太玉园西区的一名居民，2009年，她以4000元每平米的价格在这里购得一套二手房，房产证是村里发的一个“红本”。
她回忆，当年准备在这里买房时心里有所顾虑，因为毕竟是小产权，没有正规的产权证。经过多方打听，她得知这里也住有张湾村的本地居民，还听人说虽然是小产权，但也得到建委的“承认”，考虑到低廉的价格，就买了下来。
住在太玉园西区的张先生买得更早。2006年时，这里的房价才2000多元，张先生称，“关注了这次三中全会，一说建立农村产权流转，我心里就踏实多了。”他表示，如果能“转正”，当然更好不过。
国芙蓉也表达类似看法，虽然目前没有要卖掉房子的打算，但仍希望新政策能使小产权房转成大产权，据她估计，“转正”可能会让业主补缴大产权房应当缴纳的土地出让金，“10万左右可以接受，再多就不行了。”
而几位2003年前后搬进太玉园的张湾村村民并不这样认为，“转正”后房子虽然可以上市交易，但这对他们来说并无多大意义，“我们就是本地人，房子自己住，现在不用交物业采暖费，住着挺好，如果转大产权要交钱，还不如不转。”