航运是商南交通运输的组成部分，特别是水上旅游已成为商南旅游的又一新的亮点，随着以金丝峡国家森林公园为主体的山水自然生态旅游的盛起 ，商南县丹江漂流、滑道漂流、溶洞漂流、人工湖水上游览构建成为全县旅游度假休闲的新鲜元素。
承担着水上运输和交通安全管理神圣职责的商南县航运管理站，成立于1987年6月，现有在职人员10人，自收自支事业单位，隶属于县交通运输局。2004年，依照国家体制改革精神，交通水监体制与国际接轨，县编办以商编发[2004]2号文件设立陕西省商南县地方海事处，与县航运管理站实行两块牌子，一套人马，合署办公，编制与人员经费形式不变。单位主要职责是负责本行政区域内的港口、航道、航运管理工作及本辖区船舶和水上交通安全的监督管理工作。
近年来，航运海事一班人紧紧围绕“四型海事（学习型、责任型、服务型、创新型）”建设为根本，以“服务民生、开拓市场”为主旨，以推进传统航运向现代航运转变、保障经济社会可持续发展为目标，加强基础设施建设，合理配置利用有效的水资源，围绕以旅游带动产业发展的目标，开辟新型航运模式，使水上旅游发展成为旅游业的新亮点，狠抓安全管理、严把市场准入关、规范服务、文明执法，为确保我县交通运输事业健康、快速、发展做出了积极贡献。
夯实基础 服务民生
目前全县共有农村渡口27道，在营6道，水运企业4家，正在筹建的水运企业3家，重点监控企业2家（清油河镇后湾村、赵川镇老府湾村水上游乐项目，待招商），各类船筏280余艘，水上从业人员已达160余人。近年来，县航运站（海事处）积极从省市争取资金，对全县的农村渡口进行了改造。至2014年，共争取资金80万元，地方自筹资金30万元，完成了月亮湾、滩沟、黄洲奎、耀岭河、紫林沟、郭家坪6处在营渡口改造工作，并为其中5处渡口渡船进行了更新，目前全县在营渡口功能设施齐全、船舶质量完好，极大地方便了丹江沿线群众乘渡；借助湘河莲花台水库蓄水前施工便捷的先机，县航运站从省、市争取农村渡口改造资金75万元，地方自筹资金55万元，先后完成了尖刀坪（上）、尖刀坪（下）、炭沟、纸坊沟、琵琶沟、播鱼沟、常乐沟、朱家场、龙门等9处农村标准化渡口的建设任务,为库区形成后解决群众过江问题做好了前期准备工作；提前规划建设，从省海事局争取资金40万元，地方自筹25万元，在莲花台库区建设海事执勤站点一座，为后期莲花台库区水上交通安全监管奠定基础。
我县的水上旅游项目属新型产业，行业管理方面还有许多需要探索学习,尤其是丹江漂流，更是发展较早的旅游项目，没有好的经验可以借鉴。在2002年开始筹建初期，县航运站一班人便积极探索水上漂流安全管理办法，形成了较为全面的管理体系，随后省上出台的《陕西省水上漂流管理办法》，很大程度的借鉴了我县的管理经验，为行业管理做出了积极贡献。2014年，按照国家水运企业要进行安全标准化达标的要求， 县航运站（海事处）对我县4家水运企业逐项落实安全指标，软件硬件均不放松，通过整改提高，于2014年9月，县上4家水运企业均已通过省市验收，全面完成了达标创建任务。