对于市场调节价的药品，国家发改委天花板一样高的零售指导价格也很难有直接的威力。前述东部某省物价局人士解释，发改委的零售指导价肯定要高于所有地方的实际价格，这么做一是为了给原研药、优质药以政策倾斜，二是因为国家指导价必须考虑全国的情况，在有些交通不便的偏远地区，药品要从省城配送过去成本非常高，在确定零售价的时候也要为流通企业预留利润空间。
更重要的是，由于目前各类药品的集中采购都在省级平台上进行，国家发改委在制订零售指导价时并没有基础数据，而必须依赖省级部门上报中标价格，或者是直接向生产企业征询生产成本。这就为省级层面抬高药价创造了有利条件。
上述定价利益链条几乎成为业内公开的秘密，即生产企业虚报成本抬高定价，成为省级限价的基础，进而成为国家层面指导价格的参考依据。
针对上述问题，国家层面正在拟定新的政策。随着基本药物制度的不断铺开，与之相配套的《医疗机构药品集中采购工作规范》正在紧锣密鼓起草之中。前一阵“天价芦笋片”等事件曝光后，国家发改委立即着手制订《药品价格管理办法》，试图理顺药品的定价和执行监管。
业内普遍认为，由于定价环节中碎片化的制度造成了巨大的寻租空间，集中采购环节中“二次议价”等违规操作屡禁不止，且不论上述文件的科学合理性如何，即使出台也只是治标而非治本之策。