4月8日，上海自贸区管委会再迎人事变动。《每日经济新闻》记者注意到，上海市政府和浦东新区政府官网当天更新的信息显示：上海市委常委、上海市副市长艾宝俊出任中国（上海）自由贸易试验区管委会党组书记、主任；上海市委常委、浦东新区区委书记沈晓明出任中国（上海）自由贸易试验区管理委员会主任。
这也意味着，扩区之后的上海自贸区管委会，正式推行“双主任制”的领导架构。
上海自贸区管委会作为上海市政府派出机构，负责自贸区范围内相关改革试点任务和行政事务。因自贸区范围扩大，且临港地区距市区较远联系不便，今年3月17日，管委会又搬回挂牌之初的办公地点。
扩区后，5个片区均位于浦东新区，自贸区建设的推进和浦东新区相关工作会深度融合。而扩区之前的上海自贸区管委会，有1名常务副主任，6名副主任。扩区至今，减去一名副主任，这也意味着上海自贸区管委会目前在人事制度上是两个“正职主任”+“5个副主任”的配置。
易贸资讯宏观部分析师马泓对记者分析称，“从自贸区此次公布的人事调整可以看出比较新鲜的是推‘双主任’制度，把‘做事’和‘纪检’分开，从而起到更高效管理和建设自贸区的效果。”
上海自贸区扩区之后，还将新设管委会，下设8个局，其中包括5个片区管理局，分别是陆家嘴、世博、金桥、张江片区管理局，以及保税区管理局；3个内设机构，分别是综合协调局、政策研究局，以及对外联络局。
一位接近自贸区管委会的消息人士告诉记者，孙继伟作为浦东区长，出任常务副主任，有利于具体工作的推进。新设的8个局只是叫法不同而已，5个片区管理局都是独立的管委会直接改的，以前的组织架构都还在。