中原地产市场研究部总监张大伟分析，保障对象范围狭窄、结构性供需不匹配是保障房空置率高的主要原因。特别是像北京这样的大城市，除了极少数低收入群体外，本地户籍的大部分家庭都是有房产的。这些人更期待位置合适的保障房。因此如果有100个人需要保障房，但70人是流动人口，30个本地人又对保障房要求较高，那么就会出现一边是弃购、弃选导致保障房空置率较高，另一边却是流动人口想购购不得、想住住不进。
结构性供需不匹配导致的空置，在公租房上表现得最为明显。今年年初，北京最大的公租房项目——京原家园就遭遇了三成家庭弃选，弃选家庭就表示希望等待购买有产权的限价房。在深圳、杭州、武汉等城市，也陆续出现了候选家庭弃租公租房的行为，有的城市弃选比例甚至接近五成。
“不努力买不起保障房，一努力工作又超标了”
——尴尬的价格与收入定位，使限价房、经适房等出售型保障房丧失竞争力
定价不合理，是保障房遭弃的一个原因。日前公布的数据显示，2012年山东省9个市40个县的1.29万套保障性住房处于闲置状态，其中4个市、22个县的4870套保障性住房因未及时分配而空置6个月以上。价格优势不明显是主因。例如，去年底青岛城阳白沙湾片区的1848套限价房，仅收到申请143户。不少申请者表示，与周边商品房相比，限价房便宜1000多元，但户型设计与物业景观差得多，且今后出售也面临诸多限制，价格优势就不明显了。
建设标准不合理，也使保障房失去竞争力。例如，淄博的部分新建经济适用房面积大多设定在60平方米，套内面积约45平方米，而当地的住房困难标准是人均居住面积在15平方米及以下。如果三口之家搬入经济适用房，等于多花了银子还是没有解困。
申请保障房的准入条件苛刻，更是争议的焦点。据介绍，不少地方政府一是害怕舆论压力，怕被扣上“补贴富人”的帽子；二是财力有限，担忧供应不足，于是把保障房的覆盖面缩得极小，把申请保障房的家庭收入线定得较低，有些地方甚至仅把保障房供应对象锁定在低保家庭。2012年北京申请经济适用房的两口之家，家庭年收入就应不足36300元。这意味着人均月收入不足1513元的家庭才有资格申请经适房，而当年北京市最低工资标准都在1260元。这一方面决定了具有购买资格的家庭购买力十分有限，另一方面又导致部分低收入家庭被申请保障房的收入门槛绊住。
“不努力，买不起房，可你努力工作了，就超标了，保障房大门关了。我就没搞懂，政府花这么多钱盖房子，究竟想不想让人住进去？”家住北京西城的侯先生，两口子前几年的年收入不到36000元，与父母挤在40多平方米的房子里，本来符合北京市经适房的申请条件。可这两年因工作努力，侯先生月薪增加了200元，一下子被踢出了申请队伍。“要是让我去马驹桥、去大兴，我就愿意。怎么就把我们这样的拒之门外了呢？”
此外，保障房从竣工到消防、园林等验收合格，需要一定周期；从验收合格到分配入住还需要经过申请、审核、摇号、公示、签订入住合同等一系列程序，也需要时间，因此客观上讲，保障房也确实存在一定的空置周期。
稳定就业的外来人员将被纳入保障范围
——专家建议新建保障房让位于更易实施的住房补贴政策，使保障对象选择余地增加，最大程度减少寻租空间
目前，我国力争建设3600万套保障房的计划已实施过半，通过完善制度，提高保障房使用的效率，已刻不容缓。
张大伟认为，通过完善配套设施来降低保障房空置率并不现实。由于用地性质不同，且公共服务与商业服务项目都依靠规模效应，客观上具有滞后性，因此无论是商品房，还是保障房，配套设施都不可能一步到位。要降低保障房的空置率，还是要扩大保障人群范围，并严格监管体系。