台湾当局领导人马英九１５日上午７时召开当局高层会议，强烈不满菲律宾政府对台湾当局所提通牒作出的回应，决定立即启动冻结菲劳工来台工作申请等３项制裁措施。
台湾当局领导人幕僚机构发言人李佳霏会后转述说，菲律宾政府对台湾当局１１日提出的４项要求所作回应“授权不够、诚意不够、反复不定”，马英九对此表示强烈不满，无法接受如此轻率敷衍的结果，决定立即实施３项制裁措施。马英九还决定，如果菲律宾政府在１５日下午６时前仍无法满足４项要求，台湾当局将再采取第二波、共８项制裁措施。
据台湾行政管理机构负责人江宜桦在随后举行的记者会上披露，第二波制裁措施包括：发布菲律宾旅游警示灯号为“红色”，不鼓励台湾民众赴菲旅游；停止台湾与菲律宾高层次交流与互动；停止经济交流、推广和招商活动；停止农渔业合作事项；停止科技研究交流和合作计划等。
９日上午，台湾屏东县琉球籍“广大兴２８号”渔船在鹅銮鼻东南方海域，遭一艘菲律宾公务船开枪扫射，造成船员洪石成身亡。这一事件引发岛内民众激愤。
马英九于１１日晚召开当局高层会议，决定向菲律宾政府提出正式道歉、赔偿损失、彻查事实严惩凶手等４项要求。