台媒称，台菲关系紧张，网络黑客战先一步上场，“立委”也要求台军强化网络攻击能力。对此，台行政主管部门政务委员张善政指出，台湾可能有这样的能量，但全世界都是可做不可说。台军通信参谋次长室次长胡延年表示，台军网络中队将在7月1日正式编组，但在非战争状态下，不会发动攻击。
据台湾《工商时报》5月16日报道，台“立委”主动要求台当局应成立网军，以求在必要时主动发动攻击。对此，张善政出席国民党“立院党团”记者会时指出，网军在全世界都是可做不可说，台湾过去可能也有培养网军的能量，但是备而不用，未来则可协助台当局行政部门做防备工作。张善政表示，根据台当局统计，在台菲网络战开打后，已经接获10笔台当局网站遭黑的通报，频率确实比往常高。他说，台当局网站近来主要受到来自菲律宾的攻击，一开始攻击来自菲律宾，但后来则通过菲律宾邻国进行跳板攻击，但都被台方挡下，目前台当局也已经从源头做流量管制，为了避免遭到攻击，台当局已经逐渐全面封锁菲律宾IP流量。不过民间还是有40个网站被置换页面。此外，台北市、新北市、桃园县和台南市地方政府网站也遭受攻击，其他县市的情况就更辛苦，形成防黑客的漏洞。
张善政说，马英九高度重视台当局资讯安全工作，台当局各部会都动用预备金强化相关功能，未来也会编列充足预算。至于在这波网络攻击中受损较惨重的台地方政府，未来也需要补强。张善政表示，过去大家很少听到菲律宾有网军，但其实菲律宾民间业者的技术能量应该还不错，只是过去并未必与政府有关联性，官方涉入的机会可能并不高。目前台当局已经通过民间网络组织向菲律宾要求管制网络攻击，否则不排除全面封锁菲律宾IP。台军通信参谋次长室次长胡延年则表示，台军的网络中队，一直都在积极准备，但在不是战争或是准战争行为下，网络中队不能变成发动攻击的黑帽战士。
《台湾苹果日报》5月16日报道称，台菲渔业冲突无意间开辟了另一个隐形战场：网络战争。台湾及菲律宾的黑客、网军互相黑入对方的高级行政机关，包括军方，扰乱对方的资讯，并窃取情报。虽然看不见硝烟，也没有枪林弹雨，可是其凶险不下于电磁弹，足以在真实开战时瘫痪对方的指管通情体系。这是不对称作战的具体实现，也是台湾淡江大学国际事务与战略研究所研究员林中斌教授所说的“点穴战”。
报道称，菲律宾态度强硬，菲律宾官网持续成为两岸黑客联手攻击目标，这波网络黑客制裁力道逐渐加强，相较于菲律宾黑客能力，台湾黑客明显占上风，网友流传菲一名黑客，15日凌晨3时发出求饶信指出：“希望两国的黑客能停火，让政府来解决此事！”台湾网军则回应：“不公开在国际道歉，绝不会罢手！”
台湾资讯安全防护厂商中华龙网公司透露，台湾高手级的黑客，这两天异常的低调，“研判他们恐在赶写木马程序，一旦出招，恐让菲律宾灾情惨重。”台湾黑客群起应战，日前一度造成菲律宾2/3的官网瘫痪，菲政府紧急派员修复，但昨仍有1/3处于半瘫痪状态，逼得菲律宾官方找云端业者，将主机放上去避免再受攻击。
不久之前，台湾安全主管部门才在立法机构报告平均每年网站遭黑客攻击的情况，但这些报告内容对民众而言，都不及这次台菲网战那么有参与感，因为每个人都可以加入这场战争。现在战争的形式因科技日新月异，而呈现不同状态，但网络绝对是21世纪不能忽略的重要武器。台湾不一定就是攻击的一方，但是备而不用，蓄积能量，也是实力的一部分。台湾网军可借这次菲律宾的蛮横，演练入侵他国网路的能力，准备好将来在真实的不对称战争中，网路攻击与防卫的技术与知识。