记者１６日从台湾当局法务行政主管部门获悉，该部门１５日公布的初步侦查结果显示，“广大兴２８号”渔船共遭射击命中４５发，多数集中在４名船员躲藏的渔船左后侧驾驶座下方机舱，证明菲律宾执法人员是持枪朝非武装的渔船船员所在位置扫射，“有杀人故意”。
本月９日案发后，台湾当局法务行政主管部门立即要求屏东地方检察署指派专责检察官领衔侦办。截至目前，侦查所得证据显示，６５岁的死者洪石成遭子弹从左颈打入身体，胸椎爆裂，大量出血死亡，死亡方式为“他杀”。从留在船上的７．６２毫米弹头研判，凶枪是美制Ｍ１４步枪、Ｍ２４０及Ｍ６０机枪可能性较大。
此外，渔船外观未发现有明显撞击痕迹，显示其未曾冲撞菲公务船，排除渔船案发前撞击菲船致菲方开枪防卫的可能。而“广大兴２８号”渔船的航程记录器（ＶＤＲ）显示，案发地点为东经１２２度５５分４１．３７秒、北纬１９度５９分４７．２７秒，渔船并未进入菲律宾领海。
为调查这起引发台湾与菲律宾紧张局势的重大事件，由台湾当局法务行政主管部门、刑事警察局、“海巡署”、“渔业署”等单位人员组成的调查小组，１６日上午离台前往菲律宾马尼拉，参与案件调查。台当局法务行政主管部门表示，希望菲律宾能将凶手交由台湾追诉审判，或由菲律宾承诺依照该国法律严予追诉审判及执行，并要求菲律宾承诺赔偿被害人损失。