体系庞大、资金巨额，涉及部门和行业众多……国家科技支撑计划项目实施过程中由此存在人、财、物等诸多不确定性。近年来，重庆市科委对应用技术研究类的科技计划项目监理机制创新进行了积极的探索和实践，初步形成了科技部门管理与第三方监理相结合的科技计划项目管理机制。
“长江上游地区地表水水源热泵系统高效应用关键技术研究与示范”是国家“十一五”科技支撑计划重点项目，由重庆市建设技术发展中心联合重庆大学、中国建筑西南设计研究院等10余个单位共同承担。自2007年开始实施。该项目的总投入为5811万元，其中国家专项经费1843万元，地方财政和企业配套资金3968万元。
自立项开始，重庆市科委与市城乡建设委员会就联合参与到项目的组织实施，成立了项目管理领导小组。该小组下设管理办公室，负责处理项目管理的日常工作，如检查和监督项目执行的进度，督促其按期提供进度报告，以及组织对项目的中期评估、绩效考评和课题验收等。
另一方面，为了使项目过程管理真正做到制度化、规范化和专业化，防止主管部门过多的行政干预，重庆市科委又创造性地在项目实施中引入了第三方监理机制：一是聘请有关专家组成项目咨询专家委员会；二是聘请专业财务咨询公司为项目财务监理，对项目财务账目的建立、经费使用等情况进行监督；三是聘请有实力的科研机构为项目技术监理，对项目进展情况进行检查和督促。
根据项目实施的需要和监理中可能出现的问题，近年来，重庆市科委又推出了三项新制度，这些制度有效保证了第三方监理制度的施行，成为项目成功实施的强有力后盾。
这三项制度包括：首先，从“保障”入手建立项目监理经费支出制度。对市级科技攻关计划项目，根据项目实施时限和监理工作量，从经费中单独列出数额合理的费用作为监理机构的服务费和监理人员的劳务报酬，以及监理工作中必须的差旅、资料、会议费等。对科技部委托管理的国家科技支撑计划项目，则由相关处室在工作经费中解决监理工作所需费用。
其次，是从“保护”出发建立项目监理诚信制度。包括科技管理部门和监理机构的双重诚信。一方面，科技管理部门委托监理机构明确实行“外包托管”，让监理机构对项目实现全程监控，以制度保证和支持监理服务的健康发展；另一方面，监理机构要承诺严格遵守科研保密制度和知识产权保护法律法规，让项目承担单位放心接受监理，潜心推动科技进步与创新。
第三，是从“保险”着眼建立监理违约责任追究制度。在签订委托监理合同书时，监理机构对己方责、权、利即充分明确。如果在监理过程中发生越权、失职、未尽职等违约行为，将严格按照《合同法》和监理合同约定条款，追究其违约责任，不仅要承担法律责任，而且３年内不得参加科技计划项目监理招标。
以往，重大科技项目管理存在“重两头，轻中间”的问题，重庆市创新管理模式解决了“过程管理”的忽略。
在重庆市超科实业发展有限公司，重庆市重大科技攻关项目之一的“废旧轮胎翻修关键技术”项目的负责人余广华工程师说，此前，由于财务人员的疏忽，项目实施过程第一阶段出现了没有按照项目预算专款专用、账目设置不合理、经费使用票据不全或者虚假等问题，责令项目承担方限期整改。
重庆市科技计划项目财务监理机构之一的重庆金财会计师事务所，具有多年科技计划项目监理经验。事务所主任会计师陈红梅说：“在多年科技项目经费监管中，我们发现很多问题，这些问题使得科技计划项目的实施容易出现经费使用混乱的问题，进而影响项目的成败，如果这些问题积攒到结题阶段，对各方都损失巨大。”