总体而言，新三板的交易规则开始“向主板靠拢”，更规范，也会更适合规模逐渐扩大后频繁交易的市场需求。
不过，业内人士认为，对于投资者而言，新三板毕竟是适应“场外交易”特点的，它的风险不容忽视：
其一，企业的创设标准门槛较低，无论在规模还是实际盈利方面，条件要宽松得多，甚至有些科技型企业还完全没到盈利期；其二，信息披露和监管方面要求不高，这些企业还不是严格意义上的上市公司，所以在信息披露的规范、及时、全面上，都会对投资者存在很大的“信息不对称”；其三，毕竟是新生市场，场内流动性不足，交投不活跃，投资者在卖出时没那么容易。
其实，吸引私募、创投等各类资金参与新三板的关键制度设计是“转板”。在新三板经过一段时间“孵化”之后，如果公司的盈利前景已经明朗，公司制度设计也基本到位，就可以“转”到主板或创业板、中小企业板IPO(公开募股发行），这将给提早入主新三板的投资机构巨大的回报。
据清科研究中心统计，目前新三板已有7家企业，先后成功在中小板和创业板上市进行公开融资。截至今年9月，通过定向增发、股权转让或是系统买入方式投资“新三板”已挂牌企业的风险投资和私募股权机构，已达42家，涉及企业30家，投资总额约为4.97亿元。
中国政法大学资本研究中心主任刘纪鹏很早就提出，新三板的定位就是“孵化器”和“摇篮”，它应该是中国多层次资本市场体系的“第一级台阶”。如果把中国资本市场体系比作教育体系，新三板就像“小学”基础教育，这样就形成为中小企业服务的“小学(新三板)、中学(创业板)、大学(主板)的资本市场体系”。
不过，就像对中国教育制度的诟病是小学“管得太严”一样，如果新三板的设计思路是以办精品大学的思路推进，总想着“建世界一流”，就可能出问题。
他表示，在制度设计上“证监会要放权，审批制肯定不行，一定要备案制”，这样才能让新三板企业“宽进严出”，监管部门“有形的手”不能挥得太高，不要处处都想体现出“行政关怀”。
恰恰是“新规则”不透明，对新三板一直以来持“越早越好”支持态度的刘纪鹏，在新三板扩容在即的情况下，反而变得谨慎起来。“如果没有拿出解决办法而急于推出新三板，创业板的恶名很容易在新三板复制，其影响面将会更大。”
在他看来，如果没有新规则支撑，新三板难有美好未来。
为资本市场“画龙点睛”
经济学家李才元则格外看好新三板的未来。他比喻，新三板出台可能是中国金融制度建设特别是资本市场的“最后一公里”。尤其是以新三板为标志，“科技金融”将掀起第三次金融浪潮，这甚至是中国股市未来发展的唯一出路。
中国为了推进科技生产力创新，曾经在高校力推“211”工程。而专设为高新科技企业服务的“新三板”，也应有自己的“211”工程。这被李才元称为“两低一高一严”：“两低”指进入门槛低、日常运行成本低；“一高”指违法违纪成本高；“一严”指严格把关科技型企业。
新三板的门槛低到什么程度？只要有科技立项、产品立项就能进入，科技发明只要获得专利、成立公司就可以；在盈亏指标上，不设硬性标准，要给“无盈利的科技型企业雪中送炭”。这才能体现新三板的“科技孵化器”功能。