中国人民大学国际关系学院教授张鸣认为，“泡沫学术”是结构性的，来源于一种“认官不认学”的体系。在行政导向的学术评审机制中，官员有更多机会参与评审，也更有可能拿到课题。“有的院长、副院长身兼数职，非常忙碌，手里还有好几个课题，最终还能拿奖。这里面就很有问题。”
“除此之外，课题指导过程中的导向偏离也制造了‘学术泡沫’。”张鸣说，尤其在人文社科领域存在很多“假大空”的课题，甚至是直接“编故事骗人”。即便是这种课题，如果没有关系也很难“跑”下来。“拿下来后，在几十万元的经费中给代笔学生一点跑腿钱或者不给钱，学生在做的时候不懂就诉诸抄袭。很多学术论文的造假都是这么来的。”
张鸣介绍，随着国家科研投入的增加，现在动辄申请到几十万元、上百万元的科研经费。但许多985、211高校的课题质量却并没有提升，而且缺乏实际意义。在张鸣看来，我国学术科研领域“泡沫”过多的后果非常严重，将会导致整个科研体系的崩塌。一方面，国际学界对中国学者的学术信誉诟病已久。如果学术不端的人可以继续这样胡闹逍遥，国内学界的信誉有可能整体破产；另一方面，行政化导向造成了国内老实做学问的年轻人经常拿不到课题、发不了文章，“‘学官们’把年轻人的路都挤没了，以后怎么能有创新性成果？”
调查中，受访者认为大量的“学术泡沫”将直接导致我国的“科技创新动力缺乏”（21.2%），并加剧“学术不端行为”（18.5%）和“科研经费腐败”（17.9%），而高校的科研能力也会因此“持续下降”（15.0%）。不仅如此，学术泡沫的增加也会“打击年轻学者的学术热情”（9.1%），使“学术领域权利膨胀严重”（5.5%），并最终造成“科研人员的地位下降”（4.3%）。
反对意见的充分表达会对遏制“学术泡沫”产生积极作用
清华大学本科生李明新（化名）认为，应该通过完善科研经费分配体制来指导课题选择，“理工科领域的课题有的可能一时半会儿没有应用领域，或者方向很小众，但都属于用心做科研的范畴，和套取经费有本质区别。”因此，哪些课题属于“泡沫”不该由市场或个人来说，而是要有规范的体系来筛选和界定，并且可以通过资金分配方向让人分辨出哪些是好的研究。
浙江理工大学生态学专业研究生梁学智（化名），最近参与了一项室内植物与有毒气体的课题，课题负责老师和两位管理人员既关心研究进展，又常和同学们一起交流实验问题，并调动自己的学术资源解决困难。在这种氛围下，参与的学生都很有热情，有时为了完备的测量数据还会熬夜，“这种敬业严谨的科研态度是老师们带出来的。”
在清华大学社会科学学院科学技术与社会研究所副所长雷毅看来，“学术泡沫”产生的根本原因在于学术的不严谨。就我国现行的科研基金评审机制而言，某一领域的专家数量是一定的，各个科研工作者的研究方向彼此也比较了解，评审过程尽管采取的是匿名评审，但在学术界难免会有“你评我，我评你”的情况出现。所以，一方面，学者本身要有“学术良心”，要自觉遵守学术道德规范，对课题申报做出客观、公正的评价，“学术是一点一滴，而不是宏大叙事、夸大其词”；另一方面，应该进一步在学术领域提倡言论自由，反对意见的充分表达会对遏制“学术泡沫”产生积极作用。
“遏制学术泡沫，关键在于国家整个审核机制的完善，在于敢不敢斩断一小部分人的个人利益。”蒋建国建议，具体做法可以包含：首先，明确项目要求，缩小申请范围；其次，各基金主管部门加强沟通，保证资金公平使用；再次，完善评审标准，避免课题重复申报；最后，还要使经费的使用透明化。课题负责人制的经费使用方式虽然提高了科研效率，但也要限定在一定的框架中，明确科研用途，避免暗箱操作，否则，这种方式将会助长弊端。