日期为2002年10月的磁带中，一个被认为来自扎瓦赫里的声音说：“美国和它的代理人应该知道，他们的罪行一定会遭受惩罚……在真主阿拉的允许下，我们旨在继续毁灭美国的经济。”
据同时熟识两人的组织成员讲，扎瓦赫里对本·拉丹的影响非常之大：他帮助本·拉丹变得更加激进、暴力和反美。组织内部有成员称他是“本·拉丹的大脑”，甚至认为他完全控制了本·拉丹。他成功在其周围部署下受信任的伊斯兰“圣战”组织成员。而本·拉丹提供的财政支持，最多的一部分去了他和“圣战”组织那儿。
本·拉丹生前很依赖扎瓦赫里的医护治疗。上世纪80年代，埃及电影制作人DERAZ获准参观穆斯林游击队在兴都库什山区的主要营地。在一次密集轰炸中，他和本·拉丹、扎瓦赫里等人“共处一洞”。
当时，本·拉丹的上臂伸直，扎瓦赫里正准备给他注射葡萄糖，可每次他准备插入针管就会有炸弹爆炸。有人说：“看到没有?每次你拾起瓶子，我们都会被轰。”不一会儿，同样的事情又发生了。扎瓦赫里就把输液瓶扔出洞外。“我们全部笑了，甚至本·拉丹都在笑。”
扎瓦赫里也是基地组织的财产管理者。在资金紧张时，扎瓦赫里将成员薪水减半，还仔细审查他们上报的开支。“为什么你要花470美元买台新的传真机？旧的两台到哪里去了？你们获得允许买台新的了吗？……停止一切开销，除非万不得已！”
敏感的年轻人
相比本·拉丹，扎瓦赫里显得更为激进。他16岁便投身伊斯兰“圣战”，加入穆斯林兄弟会组织，并且因参与推翻埃及第二任总统纳赛尔而被捕。
在安瓦尔·萨达特被选为埃及总统后，扎瓦赫里又致力于除掉他。1981年，他参与了对萨达特的刺杀行动，并因此在埃及一所监狱服刑三年。
1985年，扎瓦赫里离开埃及，去了巴基斯坦的白沙瓦。在那儿，他继续外科医生的职业，治疗在阿富汗抵抗前苏联军队的“圣战”战士。也就是这个时候，他遇到了本·拉丹，两人一拍即合。
在对抗前苏联的战争结束后，扎瓦赫里的亲戚希望他能回到埃及，但他感觉回去会不安全，便来到了苏丹，加盟了本·拉丹，并策划了一系列恐怖活动。
外科医生出身的扎瓦赫里，其家族有行医传统，46个家庭成员，有31个是医生、化学家或药剂师。其他人则是大使、法官或议会成员。扎瓦赫里的父亲是开罗AINSHAMS大学的药剂学教授，叔叔是埃及负有盛名的皮肤病学家。但扎瓦赫里家族的名声，却首先和宗教密切相关。
父亲老扎瓦赫里的叔叔，是AL-AZHAR（埃及爱资哈尔大学）的大訇，AL-AZHAR是一所有千年历史的大学，如今仍然是中东学习伊斯兰教义的中心。老扎瓦赫里的父亲和祖父，也是AL-AZHAR的学者。
扎瓦赫里的母亲奥米玛·阿萨姆同样出身名门。她的父亲是开罗大学校长，还当过埃及驻多个国家的大使。“从第一届议会开始，超过一百五十年以前，政府就有AZZAMS家族的人。”奥米玛的叔叔马富兹·阿萨姆说，“我们总是处于反对派。”75岁的马富兹在政治上仍然很活跃。他现在是宗教导向明显的劳动党副领袖。十五岁时，他也曾入狱。1945年，他因为参与刺杀总理阿罕默德·梅赫再次被捕。多年后，扎瓦赫里竟完全重复了这位叔公的轨迹。