回到大陆后，吴其轺无法继续从事心爱的飞行事业，凭借扎实的英语功底，退伍来到浙江之江大学担任图书管理员。1954年，吴其轺被迫劳教20年，1974年回到杭州，靠蹬三轮车为生。1980年，62岁的吴其轺获得平反，恢复名誉，并被浙江大学地矿系聘用，从事生物化石标本技术工作。吴老在20年的农场劳教期间，自学了生物化石知识，此时又派上用场。多年来，吴老同事甚至他的儿女，都不清楚这位勤勤恳恳蹬三轮车运货、兢兢业业研究生物化石的老人，曾是搏击长空的抗日英豪。
60多本日记本每本封面都画着飞机
2005年，抗战胜利60周年。吴老获得中央政府颁发的“纪念抗日战争胜利60周年”纪念章。6月18日，湖南省政府、中国对外友协、中国联合国教科文组织全国联合会联袂给吴其轺发来请柬，邀他作为飞虎队在大陆的幸存者参加纪念活动时，身边的人才知道这位忠厚和蔼的老人，曾是叱咤风云的飞虎队员。当众多荣誉扑面而来，最多时一天有126位记者等候采访吴老，他仍强调说，自己是普通人，抵抗外寇是那个时代每个中国人的本分，与牺牲的众多战友相比，自己已经算是幸运的了。
虽然半生坎坷，吴老对自己的经历显然始终不能忘怀。1950年以来，吴老坚持写日记，保存着60多本日记本。在每一本的封面上，都有吴老亲手画的飞机。小儿子吴缘在清点父亲遗物时看到，父亲在一本日记本上画了各种型号的飞机，并在其中一架的边上写着三个大字，“俱往矣”。吴老有2个儿子、3个孙子，几十年来，他给孩子最多的玩具就是飞机，“手折的大挂历纸飞机，不能飞，但是往桌上一摆，就是地道的飞机模型”。
在动荡年代，吴其轺获得的战功勋章全都失去了。2009年12月29日，吴其轺把美国政府补发的“美空军航空勋章”和“美空军十字勋章”捐献给中国人民抗日战争纪念馆。
2010年，在生命的最后一年，吴老在清明节强撑着身体，前往祭拜了岳王庙。在这尊精忠报国的古人塑像前，吴老流下清泪，似乎有很多话要说又说不出来。明天，吴老的追悼会将在杭州举行，他终于可以毫无牵挂地与战友们相会了。 据新浪网讯