“这是最令人遗憾之处。”一位接近方案研讨的专家告诉记者，即将提交的“大部制”改革方案中，“新体改委”未列入其中，同时对国家发改委的审批权削弱亦有限。这意味着在“十二五”期间，仍由国家发改委同时主导“改革”与“发展”。
2003年的机构改革，国家经贸委部分职能与国家体改委并入国家计划委员会，并改组更名为国家发改委，在实际上是把短期调控、中长期调控、体制改革、总量控制等目标一致和彼此关联的宏观调控职能归为一体。国家发改委也因此有了“小国务院”之称。
发改委掌握宏观调控权、微观项目审批权，同时还在领衔体制改革。而每成立一个新的部委，都需要面临与国家发改委的职能交叉，不免陷入与发改委的分权纠葛。
国家发改委成立十年来，权力过于集中，既管“发展”又管“改革”等问题颇受争议。接近国家发改委的人士坦言，强化国家发改委并非真正“大部制”，“因为‘大部制’是基于市场经济，而国家发改委的超级部委模式是基于计划经济。”
“改革开放已经30多年，该解决的问题差不多都解决或者碰过了。今后的改革必然涉及到实质性的、深层的问题。改革必须是要自上而下的，有系统地整体进行。”中央党校教授王贵秀告诉《财经》记者：“中央对改革应该有专门研究的机构，然而现在没有。上一轮机构改革后，体改委并入发改委，但发改委首要职能是指挥经济运转的。”
在上一轮“大部制”改革之后，中央曾派出调查组，分析改革的成效和存在的问题。一位参与调研的专家透露，他们认为各个部门关系并没有理顺。“发改委管宏观，实际上也管到了各个行业部门，替代了行业部门的决策权和监督权。”这位专家透露：“其他部委负责行业政策、标准、规划，但是很大部分权力却在发改委、财政部，行业部门仍然权责脱节。”
纵然留有遗憾，但即将提交中央决策层的改革方案仍将“大部制”向前再推进了一步。十八大报告中提出，要“深化行政审批制度改革，继续简政放权，推动政府职能向创造良好发展环境、提供优质公共服务、维护社会公平正义转变”。
新一轮“大部制”改革，在努力打破上一轮以“政府职能转移”为主的“外延式”改革模式，力争走“内涵式”发展道路。
“现在机构改革方案保密度很高，这是不对的。”接近方案制定的专家对《财经》记者指出：“‘大部制’改革方案如果真正科学地研究，应该公开讨论，听取各界不同声音，吸收地方和行业的改革经验——真正的改革应该兼有各种视角。”（财经）