法院方面通过内蒙古自治区法律援助中心为赵志红指定了两名辩护律师为其辩护。辩护律师张瑞军介绍，对于普遍关心的赵志红之前承认自己是凶手一事，赵志红在会见时再次提及此事，他依然承认自己就是“4·9” 女尸案的凶手。
当天的庭审中，赵志红被指控犯有故意杀人、强奸、抢劫、盗窃四项罪名，一共涉及22起案件。
据媒体公开报道，参加庭审的知情人士透露，对于检方关于“4·9”女尸案的指控，赵志红坚持称自己就是真凶，且语气很肯定。案件的审理持续了3天，在庭审中，审判长问赵志红要不要为自己辩护，赵志红说：“我不想为自己做什么辩护，因为我犯的罪太大。”
中国政法大学教授洪道德表示，在“4·09” 女尸案的审理中，不管能否认定赵志红有罪，都不会对他最终的定罪量刑产生实质性的影响。“无非就是我们要还呼格吉勒图一个清白而已。”
呼格吉勒图的父母李三仁、尚爱云也出现在了当天的庭审现场。他们对媒体说，不管赵志红是多么的十恶不赦，他在最后关头能够承担责任认罪，让我们看到了他的良心发现，今天我们就是来看一眼。
赵志红案引发关注之后，媒体也多次去赵志红家中采访其父母。据报道，赵志红的母亲在接受采访时说，赵志红到看守所后给家里写过一封信，但家里并没有回信，因为不想回。赵志红的父母已经放弃了他，没有给他聘请律师，也没有到庭审现场来旁听，甚至，在他被羁押的9年里，他们也没有去看过一回。
当被询问到如果有机会，能见一下赵志红，赵父坚定而明确地表示，“我不见他，说了不见，就肯定不见他”。“我们都恨他。那么多孩子，好端端的，给害了，我们向她们(受害人)道歉。”赵母还说，“母子缘分已尽，不想再有联系，不想再见他了。”