巩德芳带1个中队返回丹江以北游击，由于过度疲劳，不几天便病倒了，行动困难。为了不影响部队行动，身边只留几名队员，隐蔽在棣花北山条子沟豹子洞，住了7天7夜，病情恶化。许家塬中医许佐善先生冒着风险将他接到家中，藏在红薯窖里吃药。军区大部队撤出，白色恐怖一片，坚持游击的部队也受到重大损失，致使巩德芳的病情更加严重。
巩司令在许先生家住了4天，又转移到姜岭一个农民家，许先生跟上日夜伺候，病无好转。老伙伴薛兴军继续设法治疗，视死如归的巩德芳握住伙伴薛兴军的手，一字一句地说：“不要请医生了，我不行了。我死后，一切担子都压在你的肩上。将来革命胜利，请你告诉党组织，我没有完成组织交给的任务，实在于心有愧。”停了一会，又用微弱的声音说：“敌人的疯狂是暂时的，革命的胜利一定要到来。”“商洛一定要红起来……”薛兴军劝他要坚持下去。3月23日，被李先念称为“陕南游击队领袖”的巩德芳与世长辞，终年38岁。
巩德芳病逝后，敌镇公所自卫队长孙益俊仍千方百计找到掩埋地点，惨无人道地掘地挖尸，把他的头割下来向其上司报功。除在巩家湾陈尸外，还将他的首级悬挂商县西城门示众。接着，敌人又抄了他的家，杀害了巩德芳的父亲巩怀让、妻子张菊娃、伯父巩怀富，只有女儿巩党娃躲藏在竹筐下才幸免于难。巩德芳之弟巩德胜，1942年10月被敌逮捕后受尽酷刑，于1943年英勇就义。1947年，巩德芳伯父之子巩德彦也被敌人抓去，在监狱里折磨死。巩德芳的姑父李福禄也为革命壮烈牺牲。巩德芳一家两门共为革命牺牲6人，英烈满门。
三、李先念号召学习先烈的革命精神
革命战争年代，李先念曾两度转战商洛。特别是在创建豫鄂陕革命根据地的过程中，更是和商洛人民建立了深厚的革命情谊。李先念主席对巩德芳情谊深厚，1983年8月10日撰写《纪念巩德芳同志》专文，陕西《革命英烈》首发。文章说：“巩德芳同志是陕南游击队的主要领导人，是中国共产党的优秀党员。我和他相处的时间不长，可是他给我留下的印象却非常深刻。每当我想起1946年中原突围的艰难岁月，就想到他。他的崇高革命精神和高尚风格，给我们转战到陕南的中原军区部队很大的鼓舞和教育，为我们树立了很好的学习榜样。”文章特别指出：“巩德芳同志离开我们30多年了。今天我们纪念他，就要继承和发扬他的革命精神，为改变他战斗过的陕南地区的面貌，为我国的社会主义现代化建设而努力奋斗！”1985年6月18日题词：“豫鄂陕革命根据地的烈士永垂不朽！”这是我们独有的精神财富，是最好的党史教材。