在准备阶段，根据三年期公益性资本项目建设及投融资计划，下一年度确需举借政府债务的部门及单位，应提前做好项目可研、立项审批、投资及偿债计划等相关工作并报政府批准。
第二个阶段为“一上”，主管部门对部门本级和所属单位的债务预算建议计划审核汇总后，在规定时间内报送财政部门。
第三个阶段中，财政部门对各部门上报的债务预算建议进行审核汇总，并经过一些环节后，确定下达有关部门一般债务和专项债务预算收支控制数，此为“一下”。
在“二上”中，各部门就债务预算控制数进行分解细化，并落实到所属单位和具体项目，汇总形成部门债务预算随部门预算草案上报财政部门审核汇总。
财政部门则将上年结转债务资金及支出安排、以前年度债务下年还本付息支出等内容编入本级政府预算草案。值得注意的是，《办法》规定，在财政部门获得上级财政下达国务院债务限额后，才可将下年度政府债务及相应支出编入预算草案。
最后一个步骤“二下”，是财政部门将本级政府预算草案报本级人大审议。
财税专家李文海评论说，这一系列步骤体现出现代财政制度中应有的债务风险监管、防范、化解的制度体系和机制，举债主体受到财政部门和人大的监督，有利于充分发挥公共债务的积极作用，将负面作用控制在最低，将风险控制在可承受范围内。