慈禧不敢怠慢，一面吩咐御医全力诊治，一面依照祖上传下的规矩，谨慎照做，唯恐出现疏忽和纰漏，对儿子闯过天花这一关不利。
首先，供送痘神。慈禧命令将同治帝发病以来就供奉的痘神娘娘迎供到养心殿来，宫内到处铺上红地毯、红对联，营造出一片喜气，期望痘神娘娘早点将撒下的天花收回。供奉三天以后，又举行了隆重的仪式，恭送痘神娘娘于大清门外，用纸扎的龙船、金银玉帛举火焚烧，使痘神娘娘在飞腾的烈焰中升天而去，希望由此带走同治帝满身的水痘，平安渡过劫难。
其次，祈求祖先神灵。慈禧和慈安一起到供奉祖先的景山寿皇殿——这里从乾隆时期规定作为奉祀“神御”的殿堂，祈求祖先神灵赐福，保佑儿子平安无事。
此后，同治帝不断出现痘粒，并开始收浆结痂脱落，似乎一切正朝着慈禧期盼的方向发展。然而，十一月二十日以后，同治帝病情突然恶化，他开始出现毒疮，而且毒疮在腰部溃烂如洞，流脓不断，疼痛不止，面颊肿硬，口喷臭气。“湿毒流聚腰间，红肿溃破流脓水。……痘后余毒湿盛”。之后，虽然“痘痂俱落，而腰间溃孔，左右臀部溃孔……”
同治十三年十二月初五日酉刻，同治帝“六脉已绝”，病逝于养心殿东暖阁。母亲慈禧失去了自己的儿子。
在中国封建社会的等级观念中，依慈禧的身份、地位，理应稍逊慈安一筹，在陵寝规制上也会有所体现，这样才能体现等级差别。然而，鉴于慈禧的特殊身份，本来设计的陵墓无论在规制与质量上都与慈安难分伯仲，她本应心满意足。但是，慈禧并不满足，无限膨胀的自大心理与无法遏制的贪欲，使她不能甘心于与慈安比肩。既然在葬位的选择上必须屈于慈安之后，就要在陵寝的建筑与装饰上超过慈安，以显示她的与众不同。
慈禧陵的重修工程历时十三年，直到她死前才告结束。重建后的隆恩殿与东西配殿，在建筑材料的贵重、工艺的精湛、装饰的奢华等方面均居于清朝皇后陵寝的首位。即使是与清朝皇陵相比，某些皇陵也要比她逊色很多。她的随葬品之奢华也令人瞠目结舌，叹为观止。慈禧的随葬品分为两部分：生前置放于墓中金井里的珍宝与下葬时的随葬珍品。
据清宫档案《大行太皇太后升遐纪事档》记载，慈禧生前先后向金井中放了六批珍宝。而下葬时随葬的珍宝究竟有多少？他的心腹太监李莲英亲自参加了慈禧棺中葬宝的仪式。据他和侄子所著的《爱月轩笔记》记载：慈禧尸体入棺前，先在棺底铺三层金丝串珠锦褥和一层珍珠，共厚一尺。头部上首为翠荷叶；脚下置粉红碧玺莲花。头戴珍珠凤冠，冠上最大一颗珍珠大如鸡卵，价值一千万两白银。身旁放金、宝石、玉、翠雕佛爷二十七尊。
脚下两边各放翡翠西瓜、甜瓜、白菜，还有宝石制成的桃、李、杏、枣二百多枚。身左放玉石莲花，身右放玉雕珊瑚树。另外，玉石骏马八尊，玉石十八罗汉，共计七百多件。安葬完毕，又倒入四升珍珠，宝石二千二百块填棺。而按“内务府簿册”载，殓入棺中的珠宝玉器无论在数量和种类上都极为惊人，几乎是一个“珠宝玉器大全”。
由于在她死后十九年，她的“万年吉地”被军阀孙殿英炸开，不但尸骨尽遭暴露、羞辱，随葬的奇珍异宝也被洗劫一空。享尽人间荣华富贵的“老佛爷”，只留下孤独的荒冢任后人评说。
女人慈禧幸与不幸
作为一个女人，慈禧既是幸运的，又是不幸的。
她的幸运在于她获得了那个时代女人难以得到的地位。慈禧并非出身于世代簪缨、钟鸣鼎食的显贵之家，她不过是当时一个中级旗籍官员的女儿。若不是在她十七岁的时候凭着选秀的偶然机遇，进入紫禁城，从而为她搭建了扭转乾坤的政治平台，她的命运与千千万万普通女孩子又能有多大差别？慈禧靠着一步步的钻营，从贵人到嫔，又靠着幸运地生下了咸丰帝惟一的皇子，从而“母以子贵”，被晋封为妃、贵妃，直到皇太后，并藉此“垂帘听政”四十七年。