1990年4月5日,“东突伊斯兰党”恐怖分子在新疆阿克陶县巴仁乡劫持10名人质要挟政府,并在交通要道炸毁2辆汽车,杀害6名武警官兵。
1991年2月28日,“东突”恐怖组织在新疆阿克苏地区库车县客运站录像厅制造爆炸案,造成1人死亡,13人受伤。同日,恐怖分子还在库车县城一商店内安置了炸弹,爆炸未遂。
1992年2月5日,“伊斯兰改革者党”在乌鲁木齐市52路、30路公共汽车上制造了两起爆炸事件,两辆公共汽车被炸毁,造成3人丧生、23人受伤。同时还在一影剧院和居民住宅楼中各安置了一枚定时炸弹,幸被及时发现排除。
1993年6月17日,“东土耳其斯坦民主伊斯兰党”在喀什市地区农机公司办公楼制造爆炸案,造成大楼坍塌,2人丧生、7人受伤;8月1日该组织又在喀什地区莎车县外贸公司录像厅制造爆炸案,造成15人受伤;8月19日在和田市文化宫制造爆炸案,造成6人受伤。
1993年8月24日,两名“东突”恐怖分子将喀什地区叶城县政协常委、大清真寺主持阿不力孜大毛拉刺成重伤。
1996年3月22日,2名恐怖分子枪杀阿克苏地区新和县伊协副主席、清真寺副主持阿克木司地克阿吉。
1996年4月29日凌晨,十余名全副武装的恐怖分子闯入库车县阿拉哈格乡库纳斯村,向全国政协委员、自治区人大代表卡吾力·托卡家投掷了2枚炸弹,致卡及其妻重伤,并将卡的弟弟、弟媳、儿子、儿媳杀死;该村村干部加如甫买买提明也被刺成重伤。
1996年5月12日,“东突”恐怖组织4名恐怖分子在全国伊斯兰教协会常委、新疆政协副主席、喀什伊协主席阿荣汗阿吉和其儿子去艾提尕清真寺做礼拜的途中,对其进行袭击,阿和儿子均致重伤。
1996年7月,“东土耳其斯坦伊斯兰正义党”策划沙雅县监狱暴动,导致15人死亡。
1996年8月27日,6名恐怖分子袭击叶城县江格勒斯乡政府,杀死副乡长和值班的警察;随后又闯入该乡一村,杀害3名治安员和1名水管员。
1997年2月5日至8日,“东突伊斯兰真主党”恐怖组织策划、制造了伊宁骚乱事件,恐怖分子高喊“建立伊斯兰王国”等口号,袭击平民,捣毁商店,烧砸汽车,致使7人死亡,200多人受伤,30多辆车遭毁坏,多间民房被毁。
1997年2月25日, “东土耳其斯坦民族团结联盟”在乌鲁木齐市2路、10路、44路公共汽车上制造爆炸,造成三辆公共汽车被炸毁,9人丧生、68人重伤。
1997年3月,境外“东突”恐怖分子开枪袭击中国驻土耳其使馆,冲击中国驻伊斯坦布尔总领馆,焚烧中国总领馆悬挂的国旗。
1997年3月23日,“东突”恐怖分子闯入阿克苏地区金银川垦区负责人艾买尔江家中,将艾买尔江夫妇两人杀害。
1997年6月4日,4名“东突”恐怖分子闯入和田地区墨玉县恰其克乡荒地村干部买买提肉孜·买买提家,将其杀害。
1997年7月3日,“东突”恐怖分子闯入阿瓦提县拜什力克乡村干部吐尔地尼牙孜家中,吐夫妇被杀身亡。
1997年11月6日,“东突”恐怖组织在全国和新疆伊协委员、阿克苏伊协主席、拜城县清真寺主持尤努斯·斯迪克大毛拉去清真寺做礼拜的途中,将其枪杀。
1998年1月27日,“东突”恐怖分子枪杀叶城县政协常委、县大清真寺主持阿不力孜阿吉。
1998年1月30日至2月18日,“东突解放组织”在喀什市制造了23起系列投毒案,致4人中毒,其中1人死亡,数以千计的牲畜中毒或死亡。
1998年2月22日至3月30日,“东突”恐怖组织在喀什地区叶城县连续制造了6起系列爆炸案,造成3人受伤,天然气输送管道被炸坏引起大火,直接经济损失超过100万元。