1990年4月5日，“东突伊斯兰党”恐怖分子在新疆阿克陶县巴仁乡劫持10名人质要挟政府，并在交通要道炸毁2辆汽车，杀害6名武警官兵。
1991年2月28日，“东突”恐怖组织在新疆阿克苏地区库车县客运站录像厅制造爆炸案，造成1人死亡，13人受伤。同日，恐怖分子还在库车县城一商店内安置了炸弹，爆炸未遂。
1992年2月5日，“伊斯兰改革者党”在乌鲁木齐市52路、30路公共汽车上制造了两起爆炸事件，两辆公共汽车被炸毁，造成3人丧生、23人受伤。同时还在一影剧院和居民住宅楼中各安置了一枚定时炸弹，幸被及时发现排除。
1993年6月17日，“东土耳其斯坦民主伊斯兰党”在喀什市地区农机公司办公楼制造爆炸案，造成大楼坍塌，2人丧生、7人受伤；8月1日该组织又在喀什地区莎车县外贸公司录像厅制造爆炸案，造成15人受伤；8月19日在和田市文化宫制造爆炸案，造成6人受伤。
1993年8月24日，两名“东突”恐怖分子将喀什地区叶城县政协常委、大清真寺主持阿不力孜大毛拉刺成重伤。
1996年3月22日，2名恐怖分子枪杀阿克苏地区新和县伊协副主席、清真寺副主持阿克木司地克阿吉。
1996年4月29日凌晨，十余名全副武装的恐怖分子闯入库车县阿拉哈格乡库纳斯村，向全国政协委员、自治区人大代表卡吾力·托卡家投掷了2枚炸弹，致卡及其妻重伤，并将卡的弟弟、弟媳、儿子、儿媳杀死；该村村干部加如甫买买提明也被刺成重伤。
1996年5月12日，“东突”恐怖组织4名恐怖分子在全国伊斯兰教协会常委、新疆政协副主席、喀什伊协主席阿荣汗阿吉和其儿子去艾提尕清真寺做礼拜的途中，对其进行袭击，阿和儿子均致重伤。
1996年7月，“东土耳其斯坦伊斯兰正义党”策划沙雅县监狱暴动，导致15人死亡。
1996年8月27日，6名恐怖分子袭击叶城县江格勒斯乡政府，杀死副乡长和值班的警察；随后又闯入该乡一村，杀害3名治安员和1名水管员。
1997年2月5日至8日，“东突伊斯兰真主党”恐怖组织策划、制造了伊宁骚乱事件，恐怖分子高喊“建立伊斯兰王国”等口号，袭击平民，捣毁商店，烧砸汽车，致使7人死亡，200多人受伤，30多辆车遭毁坏，多间民房被毁。
1997年2月25日， “东土耳其斯坦民族团结联盟”在乌鲁木齐市2路、10路、44路公共汽车上制造爆炸，造成三辆公共汽车被炸毁，9人丧生、68人重伤。
1997年3月，境外“东突”恐怖分子开枪袭击中国驻土耳其使馆，冲击中国驻伊斯坦布尔总领馆，焚烧中国总领馆悬挂的国旗。
1997年3月23日，“东突”恐怖分子闯入阿克苏地区金银川垦区负责人艾买尔江家中，将艾买尔江夫妇两人杀害。
1997年6月4日，4名“东突”恐怖分子闯入和田地区墨玉县恰其克乡荒地村干部买买提肉孜·买买提家，将其杀害。
1997年7月3日，“东突”恐怖分子闯入阿瓦提县拜什力克乡村干部吐尔地尼牙孜家中，吐夫妇被杀身亡。
1997年11月6日，“东突”恐怖组织在全国和新疆伊协委员、阿克苏伊协主席、拜城县清真寺主持尤努斯·斯迪克大毛拉去清真寺做礼拜的途中，将其枪杀。
1998年1月27日，“东突”恐怖分子枪杀叶城县政协常委、县大清真寺主持阿不力孜阿吉。
1998年1月30日至2月18日，“东突解放组织”在喀什市制造了23起系列投毒案，致4人中毒，其中1人死亡，数以千计的牲畜中毒或死亡。
1998年2月22日至3月30日，“东突”恐怖组织在喀什地区叶城县连续制造了6起系列爆炸案，造成3人受伤，天然气输送管道被炸坏引起大火，直接经济损失超过100万元。