2008年底，三鹿集团等22家责任企业筹借9.02亿元款项，通过中国乳制品工业协会支付患病婴儿的治疗和赔偿费用，对近30万名确诊患儿给予一次性现金赔偿。同时，22家责任企业还共同出资2亿元建立医疗赔偿基金，患儿今后一旦出现相关后遗症，发生的医疗费用由该基金报销。
据受委托机构中国人寿保险2012年5月公布的信息显示，运行3年以来，基金已累计办理支付2055人次，支付金额1242万元，全国各省、自治区、直辖市均有医疗赔偿基金赔付发生，医疗赔偿基金账户还有余额1.9亿元(含利息)。
据时任定西市岷县消费者协会秘书长刘阳冲回忆，当时岷县列入赔偿名单的结石患儿有58名，共拨付赔偿金19.8万元，其中一般患儿55名，每人获得赔偿2000元，重症患儿3名，每人赔偿3万元。“按照当时规定，重症患儿是指出现急性肾功能衰竭或接受透析、置管、手术等有创伤性检查或治疗，其余为接受一般治疗的患儿。”刘阳冲说。
王鹏和王贺分属一般和重症患儿，本该领取32000元赔偿金的车彦军，领取赔偿的过程并不顺利。
车彦军告诉记者，当时县消协把双胞胎名单弄混了，接受手术治疗的弟弟王贺被写错成王鹏，而王鹏则被误写成重症患儿。因为无法提供相应的治疗病历，车彦军在1年后才拿到赔偿金。
2009年初，由于两个孩子往返兰州复查身体，车彦军没有再出去打工，仅有的一点积蓄也全部花光，“当时家里特别困难，就靠我每天打点零工赚三四十块钱维持生活。”