在曹文宣看来，目前实施的禁渔补贴存在很多问题，“很多是冒领的，办一个捕捞证，就去领补贴。还有的去搞一条船，根本不捞鱼，就拿几十万补贴。”曹文宣算了一笔账，全江禁渔10年，不但鱼类物种资源保护下来，还可以大量减少涉渔开支，“每年休渔三个月渔民的生活补贴2000万元，人工放流资金仅2010年就约2.5亿元，渔船油费补贴1.45亿元，禁渔10年共计可节约41.5亿元。”
“‘南水北调’工程，丹江口水库的水位要从157米抬高到170米，抬高13米，就移民了18万人。现在，全江的渔民加起来还不到15万人，你为什么不能解决？”曹文宣说。
对话院士曹文宣：长江生物多样性丧失的速度加快
东方早报：您如何看待长江渔业资源的现状？
曹文宣：长江渔业资源正在逐渐衰退，已经到了最危险的时候。
长江水系现有鱼类400多种，淡水鱼类有350种，其中特有种类就有156种之多。随着人类活动的增加，不但天然捕捞产量急剧下降，生物多样性丧失的速度也在加快。
著名的“长江三鲜”(鲥鱼、刀鱼、河豚)，鲥鱼已经绝迹，刀鱼濒临灭绝，野生的河豚也已经不见踪迹。
还有，白鲟自2003年以后再也没看见过了。像鯮鱼，可以长到100多斤的，从上世纪80年代开始就很少再见到了。
你看市场上卖的鱼，基本上都是“小鱼”(长不大的小型鱼和长得大的鱼的幼鱼)。像是要长几十斤的草鱼，长到几两重就被捕上来卖了。
你再看捕捞产量，2008年湖北是30万吨，2009年是26万吨；湖南2008年是16万吨，2009年是11万吨，2010年仅有9.6万吨……只有江西2010年比2009年增加了4.5万吨，原因是捕捞了许多幼鱼。
东方早报：长江渔业资源逐渐衰退的主因是什么？
曹文宣：我认为酷鱼滥捕是最主要的原因。渔业法规定：禁止使用炸鱼、毒鱼、电鱼等破坏渔业资源的方法进行捕捞。禁止制造、销售、使用禁用渔具。禁止在禁渔区、禁渔期进行捕捞。禁止使用小于最小网目尺寸的网具进行捕捞。捕捞的鱼中，幼鱼不得超过规定的比例(5%)。
这些年我们在洞庭湖，发现很多都是迷魂阵，网很密，把大鱼的幼崽一网打尽。
还有工业和城市污染，大量的污水超标排放，导致许多死鱼事件。每年长江沿岸向长江排放的污水相当于黄河的总量。
另外长江中下游的支流、湖泊上兴建的一些堤坝、闸口，阻止了江湖之间的自由交流，江湖阻隔使得鱼类失去索饵场、繁殖场和育肥场，改变了湖泊的湿地属性，湿地面积和质量大为下降。还有围湖造田、农业的污染等，都是原因。
东方早报：大家还关注长江水电开发对渔业资源的影响。
曹文宣：鱼类资源有两个方面的属性，一个是物种，一个是渔业。水利工程主要是对长江鱼类的物种资源属性造成影响。特别是长江上游的特有种类很多，它们适应激流环境。你一批一批地建水电站，搞梯级开发，把激流变成静水，它就没办法继续生存。
像贝式哲罗鲑，最先在都江堰发现的，现在岷江已经没有了，仅仅在大渡河的顶上有一些。但是那里现在又要修电站，进行梯级开发。我们有过研究，光是受三峡大坝影响的特有鱼类，就有60多种。
东方早报：您怎么评价“长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区”的调整？对渔业资源有影响吗？
曹文宣：当然。如果当初保护区不调整，就建不了向家坝、溪洛渡水电工程，很多鱼类的产卵场就不会消失。后来，又对保护区进行了二次调整，就是为重庆的小南海水电站让路。
我一直讲，小南海是保护区和三峡水库之间的鱼类完成生活史过程必须经过的生态通道，必须保持畅通无阻。现在小南海还建不建，我也不知道。不过，他们准备要建，所以要搞一个“鱼道”，叫“仿自然通道”，但是，它的流程太短，就像一条小河。现在还不能说效果会怎么样。