中院要拆除东西方丈、斋堂和灶房，以及闻慧堂。其中的斋堂由几万信众捐资兴建，最多可容纳600人用膳。
东院要拆除禅堂。安放兴教寺名僧常明法师灵骨的方丈楼要拆除。现在法师居住的照心楼也要拆除。
院内的石材要求全部去掉，换成固化沙石。建筑拆除的地方进行绿化。玄奘塔旁边的两块石碑，是2000年复制大慈恩寺的石碑，也要搬走。
大殿前的两块石碑，是原来国民党要员捐资兴建兴教寺的功德碑。“文革”时期，碑被破“四旧”者砸为几截。当时的寺庙住持常明法师偷偷将断碑掩埋起来，后来又拿出来重新安放。这两块碑也被要求挪走。
根据政府规划，入寺道路将设置为人行道，安装禁止车辆通行的设施，道路改造为固化沙石路。此外将建设入寺坡道栏杆及铁链，整修寺外墙体。寺院入口处、寺内的红砖及沥青地面等要按方案整治。
而寺庙拆迁的过渡经费，由长安区负责。兴教寺僧人日后将搬到该寺的下方一所新修的庙。这座规划中的庙将作为兴教寺的下院，目前所在地为两个村庄。村庄也被要求全部搬迁，其中涉及东江坡村18户人家，西韦村28户人家。
“庙里对这次申遗是支持的，但希望尽量不要动庙里的建筑格局。该庙原来是因地制宜发展的，各项功能完善，要求能不拆尽量不拆。”兴教寺官方对南都记者称。
西安市长安区民族宗教局局长张宁告诉南都记者，“兴教寺拆掉部分建筑是为了环境更优美。具体规划还没有完全定下来，正在等国家专家组认定。兴教寺要发展，对僧人工作和生活的阶段性影响有，但不是很严重。”
兴教寺向南都记者提供了一份《兴教寺申报世界文化遗产相关问题的汇报》。该文件指出，“此次申报，主要是针对玄奘塔。此塔属于兴教寺西边塔院的主题建筑。而塔院是兴教寺在民国便形成的东西三跨院的整体院落。今天兴教寺的风貌，是历代逐步形成的，这些建筑无不是围绕着玄奘塔。所以维修玄奘塔，要保证塔院的整体性。更要明白塔院的宗教活动职能，保障玄奘塔和塔院配套建筑整体性使用的职能，才是玄奘塔和兴教寺作为宗教活动场所的意义。如果将三藏院等历史变迁过程中形成合理配套建筑剥离掉，只孤零零地剩下一个塔，实际上是对兴教寺塔寺一体的整体性和历史发展真实性的蹂躏。兴教寺塔院的配套设施建设的资金，很大一部分来自香港、台湾、日本等世界各地，如果随意破坏，在十方信众和国际上，肯定会造成十分不良的影响。”
“第二个法门小镇”？
在兴教寺受拆迁困扰之前，一个庞大的“兴教寺佛教文化旅游景区建设项目”已经浮出水面。
2011年11月7日，西安市长安区政府在答复网友时提到，大明宫集团投资建设的兴教寺佛教文化旅游景区建设项目，占地面积412亩，建成后将成为集佛教文化、佛教养生、佛教旅游为一体的高规格旅游文化景区。
大明宫集团即西安曲江大明宫投资(集团)有限公司。官方资料介绍，其为经西安市政府批准，由西安曲江新区管理委员会投资设立的国有独资公司，成立于2007年10月22日，注册资本28亿元。
公开资料显示，大明宫集团是西安曲江文化产业投资(集团)有限公司(以下简称“曲江文投”)的全资子公司。曲江文投又是曲江新区管委会的下属公司。
兴教寺佛教文化旅游景区建设项目是2011年中国东西部合作与投资贸易洽谈会长安区项目集中签约成果，《西安日报》公布的《2011年西洽会长安区项目集中签约成果》也显示，该项目由大明宫集团投资建设。记者昨日电话联系了大明宫集团，工作人员表示暂时不清楚这个情况。