金陵寺位于商州西南商熊公路18公里处，距熊耳山4公里，古称上秦川。金陵寺镇因金陵寺古刹而得名，山川秀美、物产丰富、人杰地灵，是商洛的历史名镇，昔日与柞水的红岩寺、杨斜的松云寺、东龙山的东岳庙、城内的大云寺、城西的二龙山古庙、五峪川的歇马殿相媲美，建筑风格和规模仅次于大云寺而远远超过其它寺庙。金陵寺现为金陵寺镇政府所在地，每遇农历双日逢集，是金陵寺人的政治、经济、文化、教育中心。
金陵寺古刹地处金陵寺北坡之下，坐北向南，寺河和上秦古道从寺前穿过，骡马队东来西往，交通便利。因为依山傍水，加之东山较高，北坡较低，每当晨曦初露，紫霞浮顶，苍霭横腮，紫气腾腾。金陵寺的名声之所以大，说是沾了明太祖朱元璋的光。
元末战乱，民不聊生，至正(1341—1368)年间，安徽淮河一带旱蝗连年，百姓饿死倒毙者十之五六。凤阳农家子弟朱元璋的父母兄长半月内相继死去，家破人亡，只好投靠皇觉寺的叔父。然而乱世大灾，皇觉寺被灾民吃得水断粮绝，寺僧随之云流星散，叔侄二人云游乞讨。三年之后，叔父把侄儿又送到皇觉寺栖身，自己到了商州上秦川，见一古庙没于荒草，虽久经旷废，却场地俨然，遂披荆斩棘，除茅结寺，焚香洁戒，修举废坠。这个苦僧就是朱元璋的叔父定慧禅师。定慧禅师崇尚俭朴，热衷民间公益，修官道，筑河堤，插风柳，栽柏树，挖水井。十七年后，投奔郭子兴的朱元璋做了皇帝，遂号令天下人寻找叔父，让其到金陵(南京)享荣华富贵，但叔父不允，只得同意仍在上秦川做主持，朱元璋亲题“金陵古刹”匾额，撰一对联“长空天镜佛陀自在大乘车，高台白云香露永存密宗盘”，并题一牌位“如朕亲临”，字迹端庄古拙，赫然耀目，州官县令遇见均磕头参拜；御赐很多土地为庙产，兼理农耕，一时香火复兴，金陵寺声名远播。
年复一年，到清嘉庆年间，古刹年久失修，加之社会稳定，经济繁荣，于嘉庆二十二年(1817年)三月进行规模最大的重建，现二殿大檩下板垫处有“大清嘉庆岁次丁丑桃月上浣之吉阖社人重修”字样佐证。寺院长老，僧侣俗众，四方乡邻，社会名流，商铺老板集资捐款，踊跃参与，上秦川人全力支持制砖烧瓦，砍伐木料，担运白灰，聘请能工巧匠，设计重建了四进12间大殿及别有韵味的六角钟楼，在东边修建了戏楼一座，僧房一院计20余间，东北有香客宿舍，灶房、碾房、磨房、仓库、牛圈计12间，加上之前留下的古柏和水井，又植竹子，栽了名贵花木，挖了鱼池，从而形成了占地30余亩，殿殿相通，屋屋互连，蔚为壮观的寺院。二殿前有八座石碑，记载着金陵寺重修的历史和各方居士捐赠、建筑的功名。所拆旧料废物再用，在洞坡对面重修庙宇，1967年拆毁，并入寨凹庙，后被熊耳山中学改为校舍，1970年移至东窑村，现已废除，寨凹庙夷为平地，不复存在。
金陵寺古刹建筑宏伟，设计独特，结构严谨，檐牙尖耸，楼阁环抱，殿内方砖铺地，院庭青石相嵌，曲折长廊，雕梁画栋，色彩显明，壁画典雅，形象生动，泥塑神象，栩栩如生。前殿匾额“金陵古刹”古拙凝重，戏楼上有“莺歌燕舞”字迹凤舞龙飞。每殿格门棂窗，有水墨板画，左边为菊梅二幅，右为兰竹二幅。壁画内容有二十四孝图、《封神演义》等，现仍清晰可辨。
六角钟楼高一丈八尺，六柱着地，楼顶犹如西安钟楼，聚处如钩，角檐相凑若斗，五脊六兽，古朴大方，精美坚固。悬有一口铁钟，高六尺，口径二尺八寸，上有铭文，铸工精细，六角有小铁钟六个。每逢初一、十五，长老撞钟，声音浑厚、悠扬，上秦川各社几乎都能听到。金陵寺的戏楼无论是从建筑原理到声学原理，都堪称一绝。金陵寺的全部建筑、泥塑、雕刻、绘画、祭具、碑文、书法，都达到高度境界。