熊丙奇认为，国务院对《纲要》给予“基本成熟”的评价是比较中肯的。从这个“基本成熟”的定性看，《纲要》在执行中完善还有很大的余地。因为这个《纲要》中的共识是在现有物质条件与教育理念的环境中达成的。教改的推进、教育的发展和时代的进步，又会逐步具备达成新的共识的条件。
比如将一年学前教育纳入义务教育，或可成为5年后的教育议题；2012年国家财政性教育投入达到4%后，再对2020年的教育投入比例进行规划，或可提上政府议事日程。
近两年，关于落实大学办学自主权，以及大学去行政化、去官化、去功利化的社会呼声很高，以至一些教育官员、大学校长在“两会”和一些论坛上也慷慨陈词，可是，这并不说明高等教育改革已经取得共识。熊丙奇说，很多情况下大学领导与民间似乎在谈同一个问题，其实理解却相去甚远。这是《纲要》执行过程中值得警惕的。
比如大学学术权和行政权分离，公众的理解是校长与行政官员不再从事学术研究，只负责管理和服务，以避免利益均沾，而校领导的理解是校长、行政官员不再在学术委员会等机构里担任职务，自己院士照评、教学名师照当；关于落实高校办学自主权，公众的理解是大学要恢复教育属性，淡化行政色彩，而校领导的理解却可能是进一步提高大学的行政级别，这样当地政府就因大学级别高而难以干涉。
熊丙奇认为这种现象很好解释。因为每一种主张背后，都代表着各自的利益诉求。世界一流大学的做法通常是利用设立的利益博弈机制加以调节，从大学理事会到教授委员会、学生自治委员会，所有的共识与共同行动，都是博弈的结果。
“落实和扩大学校的办学自主权，是教育体制改革问题的继续。未来10年间，至少在后期才能谈到"扩大"，而前期则是对《教育法》《高等教育法》已经规定的学校办学自主权怎样"落实"。”熊丙奇说，我国这方面的法律已经十分明确，遗憾的是至今各级各类学校的自主办学空间还相当有限，原因除了政府部门掌握财权、人事权，学校必然依附行政机构之外，还有政府部门干涉学校办学自主权的行为，并不受法律制约。这需要依法治教，严格按照法律规定，对政府部门违反法律规定的办学行为问责。
他认为，“《纲要》能否开启中国教育的新局面，就取决于对已经达成的教育改革共识的实践，以及对教育改革共识的不断增进和扩大。”