记者在大佛左侧的腋下看到了这样一个洞。据刘淑琴介绍，塑像为了防虫蛀，在底座上有两个通气孔，刘淑琴每年都会往里熏香，但今年放香进去，上面却不冒烟，一时都不知道是怎么了。
不仅如此，有一回，北京的王毅男博士来到独乐寺的观音阁，他发现，在晴天的时候，部分壁画泛黄，摸起来竟是湿湿的。与此同时，观音阁里时不时有尸体腐烂的气味，以及其他难闻的气味。
所有这一切，在最初发现的时候都找不到答案，而外界传闻越来越多。寺院工作人员认为，到了必须查出真相的时候了。
一天深夜，几个人打着电筒，顺着楼梯，慢慢爬上顶楼，在斗拱的间隙里，他们看到了数不清的蝙蝠。
“是的，就是蝙蝠。”刘淑琴肯定地说，“我们看到了蝙蝠，太多了，倒立悬挂在斗拱上。”
真相似乎在慢慢揭开，工作人员开始把所有的离奇现象跟蝙蝠联系起来思考。
“那么多蝙蝠发出的声音，就像是一群老鼠开会时的叫声。”另一位工作人员介绍说，“我们都知道蝙蝠是吃虫子的，白天休息，夜间活动。我们怀疑是蝙蝠堵住了熏香的洞，并且拉(洒)尿时把壁画和佛像弄湿了，这个世界没有什么鬼怪的。”
但是死鱼和蝙蝠又是怎么回事？蝙蝠钓鱼做什么？对此他们并不知道。于是，独乐寺的管理者、蓟县文物保管所所长刘文山在4月底向中科院动物所的张树义研究员发出了邀请，希望他能到蓟县彻查元凶。
五一假期，研究员带着几名动物学博士来到蓟县独乐寺。
“张老师的脾气大家都知道，一听到新情况，他就一定要赶到现场去看。”中科院动物所的工作人员张金树说。
张树义，中国科学院动物研究所研究员、博士生导师。五一假期，研究员带着几名动物学博士专程来到蓟县独乐寺，这些博士中包括专攻蝙蝠研究的王毅男。在观音阁，他们抓住了几只蝙蝠。
“那是我们认识的蝙蝠种类，所以我们一看就能叫出它们的名字。”张树义在接受记者采访时说，“它们是大足鼠耳蝠和水鼠耳蝠，其中绝大多数个体是大足鼠耳蝠。”
据介绍，大足鼠耳蝠是中国和亚洲近年来首次发现的食鱼蝙蝠。
“除了吃虫，它还吃鱼。”王毅男说，“大足鼠耳蝠顾名思义就知道它有一对大脚。可以断定的是，观音阁的小鱼是由蝙蝠带进来的。”
真相已经揭开，观音阁里的奇怪现象林林总总，却基本上都能同蝙蝠联系在一起——夜晚，成群结队的蝙蝠发出“吱吱吱吱”的声音，它们飞出去捕鱼，偶尔会抓几只田螺从门缝往里钻，它们排出的粪便淋湿了壁画，它们的尸体堵住了熏香洞口……原来所谓的幽灵竟是这些小东西！
为什么不到别的场所，而恰恰在寺院安家落户？
据独乐寺工作人员反映，蝙蝠夜间大多悬挂在阁内的木制斗拱上。而记者在现场看到，这些斗拱参差不齐，错落有致。
“只要不是很光滑的平面，都适合蝙蝠悬挂。”王毅南说，“大体上讲，蝙蝠来到独乐寺落窝的原因主要有两个，一是外界逐渐丧失适合这些群居动物居住的阴凉干燥的场所，二是独乐寺入夏后阴暗凉爽的环境吸引了它们。”
为了保护文物，工作人员四处驱赶“不速之客”，却被张树义制止了。
据了解，为了保护泥塑不再受蝙蝠尿液的侵蚀，工作人员每天都要用干净的塑料布把塑像围起来。蝙蝠在观音阁寄居，对泥塑、壁画和建筑本身的威胁越来越大。为了保护文物，工作人员四处驱赶这些“不速之客”，但这一“大扫荡”被动物学家张树义制止了。