马王堆汉墓女尸千年不朽曾使人们发生联想:秦始皇的尸体是否依然如故?史书记载，秦陵地宫已穿越了“三泉”，地宫内部肯定有堵塞或排除地下水的设施。有的专家推断，秦陵地宫的地下水是先用冶铜锢其内，再塞以纹石，其次徐漆，最后涂丹，从而堵塞了地下水，防止地下水渗人地宫内。这种推断固然有其道理，但仅凭这样的办法能否彻底堵绝地宫内的渗水则引起了不少研究者的怀疑。
史书上记载了这样的一个传说:秦始皇驾崩后，胡亥怕 “沙丘之谋，’泄露，众公子争夺自己的皇位，于是假传秦始皇遗旨，命众公子殉葬。之后.又命后宫妃殡没有生子的也一同殉葬。胡亥命人将无子的妃殡全部带人秦始皇陵园，以武力强行驱人地宫深处，然后胡亥命令工匠把地宫第一层宫门封闭了，妃嫉均死于地宫内。当工匠把地宫之门封闭到最后一层时.为怕地宫秘密泄露，胡亥心生毒计，下令所有参加修建陵的工匠、刑徒到地宫领赏。当工匠、刑徒云集到地宫时，胡亥又命令军兵侍卫就将最后一道宫门封闭，工匠刑徒又成为秦始皇的殉葬品。传说只有一位年轻的工匠逃了出来，原来地宫内通向外面的水道是这位工匠亲自设计而成的，被闭于地宫后，他悄悄地潜人水道爬了出来。这个传说令研究者对秦陵地宫之间有没有排水道的问题进行不断地探寻和思考。有一位地质学家还大胆地提出了这样一个观点:秦始皇陵以北 3里的秦代鱼池遗址就是为了掩护地宫排水管道出水口的。如果秦陵地宫有严密的防水设施或排水管道，再加上弥漫在墓内的高浓度汞蒸汽，可使人葬的尸体和随葬的物品长久保持不腐，那么秦始皇的尸体保存完整还是有可能的
从布局上看，秦始皇陵俨然一个活生生的现实社会，内外城墙、寝殿、官署、珍兽坑、马厩坑等等应有尽有。但令人不解的是，陵园内没有发现皇后陵。有人认为，这是由于秦始皇死后皇后仍健在，秦王朝又很快覆灭了.仓促之中皇后也没安葬在陵园内。如果这样的话，在陵园内应该有预留的皇后陵的位置，而从现在秦陵的布局来看，根本没有皇后陵的插足之地。为什么秦始皇死后不需要皇后的陪伴呢?有人推Mil:这是由干秦始皇未成年时太后专权，与奸党酿成叛乱。有鉴于此，秦始皇当政以后有意降低皇后的身份，不使皇后出头露面，在修陵园时也是一墓独尊，不留皇后的蓦穴。确实，从古代文献记载来看，也不见秦始皇的皇后名字，秦始皇的皇后是谁，在历史上还是一个谜。