1937年7月，日本发动了全面的侵华战争，噩运降临中国，也同样威胁到了“北京猿人”。1937年7月9日，即抗日战争爆发的第3天，周口店北京猿人遗址的考古发掘工作停止。日本人对北京猿人化石垂涎欲滴，但因其未进行投资，无缘身列参观研究之列。为了预防北京猿人化石落人日本人之手，珍珠港事件前夕，在瑞典人类学家魏敦瑞的提议下，中国政府同意把北京猿人化石运到美国暂时保存。1941年l 1月 20日下午，协和医院负责文物库房管理的技师胡承志得到指示将化石秘密装箱。北京猿人的4件头盖骨、10余件下颌了大木箱，并贴上了封条，运到美国大使馆，准备随美国海军陆战队运往美国。正当享受美国海军陆战队专门押运待遇的北京猿人化石“旅行”到秦皇岛时，日本挑起了珍珠港事件。装运北京猿人化石的美国海军陆战队也受到日本人的跟踪，匆忙之中撞上了暗礁，不久沉没。一支直接受命于日本天皇指挥的特种部队很快找到了美国海军陆战队的专列、存放北京猿人化石的码头，但当木箱打开时，所有在场的人都惊呆了，箱子里面竟是空的，北京猿人化石不翼而飞了!
北京猿人化石究竟到哪里去了呢?“二战”后人们就在搜寻，但迄今仍渺无踪影．成为历史上一宗大的谜案。概括起来，目前有五种说法：即私人得到说、美国得到说、日本得到说、中国藏起来说和海沉说。
私人得到说的人认为：协和医院文物库房保管技师胡承志是最后一个见到和接触北京猿人化石的人，而在他交出本箱后就逃离了协和医院地质研究所，胡承志的行迹让人感到迷惑不解。有人发出疑问：胡承志在木箱中到底装了些什么? 有人怀疑：胡承志根本就没有给北京猿人化石打包装箱，他只是将两只空箱交给了瑞典古人类学家魏敦瑞的秘书息式白，自己将北京猿人化石藏了起来。另一个受到怀疑的就是这位息式白女士了，从接到本箱到交出本箱，中间约有两个小时。有人怀疑：在此期间，息式自有充足的时间，转移真箱．换上假箱，来了一个偷梁换柱。当然受到怀疑的人还很多，但都缺乏充足的证据。
认为北京猿人化石在美国的人认为：早在珍珠港事件爆发以前，美国已经预感目本将把注意力对准协和医院和地质研究所，于是便背着中国人，暗地里偷梁换柱，以复制品代替真品继续放在地质研究所的保险柜里．而将真品偷偷地运往美国。还有人认为，北京猿人化石并未装上哈里逊号邮船，美国早把化石转手运走了。
认为北京猿人化石在日本的专家认为：北京猿人化石撤离协和医院以后，按原计划由美国海军陆战队装上哈里逊总统号运往美国，但哈里逊总统号却被日军缴获了，化石也被截留，所以很可能至今还藏在日本。“二战”后．美国曾在日本进行了广泛的搜寻，但仍无收获，我国考古学家李济先生也曾先后五次到日本搜寻北京猿人化石，同样是徒手而归。
海沉说的人认为：北京猿人化石装箱后运到秦皇岛港，并 在此港运上了哈里逊号邮船，在赴美途中，因船遭难而一起沉没在海底了。还有人进一步推测，这次沉没海底后，被锭者找到，锭者也被日本人杀人灭口了．北京猿人化石由一艘日本驳船装载直接开往横滨。但驳船刚驶离秦皇岛不远，就遭遇了美国空军的袭击，化石随驳船沉没到了渤海湾附近海域。如果事实如此，则北京猿人从山洞中现身，又隐没在了深不可测的海里了。
北京猿人化石失踪之后，曾经有许多人为寻找北京猿人化石的下落而四处奔波。在1972年．有一位名叫詹姆斯的美国商人悬赏5000美元给能提供北京猿人化石下落消息的人。当时纽约有位老太太声称其丈夫从中国带回一箱化石，并索价50万美元，但从她提供的实物照片看，它们并不是北京猿人化石。这些无价的北京人化石究竟在哪里，至今下落不明，从而成为一个让人不解之谜。