在达尔文的《物种起源》里，微生物是被忽视的群体——在物种进化的大戏中，它们也许连“龙套”都不算。然而，最近有科学家却认为，微生物也许不只是窃取营养的“小偷”，在物种进化过程中，这些与动植物共生的“小东西”扮演着出乎我们预料的重要角色。“主角”还是“龙套”？这场争论仍在进行中……
挑战 动植物+微生物 自然选择的基本单元
上世纪80年代，理查德·杰斐逊发现了一件让他震惊的事——人类体内的微生物在某些关键进程中扮演着关键角色。例如，多达65%的睾丸素的循环过程可能与微生物有关。睾丸素是人体内重要的雄性激素，这也就意味着，微生物会影响我们体内的性激素水平。还有研究发现，微生物在“塑造”我们体味的过程中起着重要作用——它是产生微小芳香分子的关键之一。尽管体味是否影响人类的择偶在科学界还存有争议，但在某些动物身上，它们确实发挥着作用。
杰斐逊据此指出：“生育、繁殖和择偶，达尔文自然选择中的‘三驾马车’，全都受到微生物的影响。”这或许意味着，动植物能不能成功繁衍后代，部分取决于生活在它们身上的独特的微生物组合。
杰斐逊得出这样的结论：微生物在进化过程中非常重要，因此，科学家们应该把动植物跟寄生于其上的微生物看成一个整体，并称之为“功能单元”。“这个单元由许多个体基因组构成，有时甚至上千，其中的组合及数目还在不断变化。”杰斐逊主张，这种功能单元才是自然选择的基本单元，并进一步提出“全基因组”的演化理论。
支持 微生物也是进化的“主角”
无独有偶，以色列特拉维夫大学的微生物学家尤金·罗森伯格也在研究地中海东岸的珊瑚时，得到了相似结论。
他发现，这里的珊瑚曾感染希利氏弧菌，并触发了白化。但经过一段时间后，珊瑚却恢复原样，没有大面积白化。这使他意识到，如果微生物的变化能够让珊瑚抵御感染，并且代代相传，那么尽管这些珊瑚的基因组并没有发生任何改变，但它们还是进化出了抵御白化的能力。这说明一种生物能否存活，或者说能否适应变化，起决定性作用的往往不只是它自己的基因，还有它能够继承的那些微生物群落。
罗森伯格也提出，把生物跟寄生于其上的菌群分开，只是为了研究方便而采用的一种人为方式。他说，在自然选择的眼中，宿主基因组和微生物基因组是一个整体，它们才是自然选择的对象。罗森伯格因此预言：大多数动物会从上一代身上继承基本相同的微生物，亲缘关系较近的物种也会拥有亲缘关系较近的微生物。
这些观点得到了一些微生物学家的支持。美国范德比尔特大学的微生物生态学家塞思·波登斯坦也认为，在生物进化的研究中，“应该研究使这个整体发挥功能的全部遗传信息才对。”
在最近的一项研究中，波登斯坦的研究团队用抗生素“利福平”杀死了白蚁体内的某些微生物。他们发现，与未用抗生素的白蚁相比，用过抗生素的白蚁产下的后代数量要少得多。他们推测，原因应该是肠道菌群被抗生素破坏，从而降低了这类白蚁从食物中获取营养的能力。波登斯坦还发现，在金小蜂中，演化亲缘关系越近的蜂种，体内的微生物群落也更相似——这完全符合罗森伯格的预言。
反对 “龙套”就是“龙套”
如果这一理论被验证，那么对物种进化而言，这就不仅仅是一种非常有趣的可能性，整个理论也可能被修改。然而，演化生物学界的大多数科学家，依然对此持否定态度。