过去10年是我国科技创新能力飞速提升的10年，特别是国家中长期科技规划纲要颁布实施以来，我国整体科技创新能力大幅提升，在科技资源投入、科研绩效以及科技支撑经济社会发展方面取得了巨大成就，科技发展实现了重要跃升。当前，我国科技创新面临新形势、新任务，既要抓住重大的发展机遇，也要应对复杂而严峻的挑战。我们需要认真分析研判，采取切实有效的措施，积极应对挑战，贯彻落实好创新驱动发展战略的各项任务。
国家综合创新能力建设进入攻坚阶段，科技投入产出质量有待提升
运用指数评价方法对国家整体创新能力进行综合测度和排位是国际上普遍采用的方法。世界经济论坛《全球竞争力报告》显示，中国的国家创新能力排名由2001年的世界第61位上升至2010年的第29位。欧洲工商管理学院和世界知识产权组织从2007年起发布的《全球创新指数报告》也显示，2011年中国的排名是第29位。中国科学技术发展战略研究院发布的《国家创新指数2011》报告显示，在占世界研发经费支出98%的40个主要国家中，中国国家创新指数排名已经从2000年的第38位上升至2010年的第20位。上述研究虽结果有所差异，但基本结论一致，即过去10年间，中国的国家整体创新能力迅速增强，与创新型国家的差距正在缩小。
但是，《全球竞争力报告》显示中国的创新能力世界排名由2009年的第28位下降至2010年的第29位；中国科学技术发展战略研究院测算的国家创新指数中国排名在2009年也下降了1位。这种波动说明国家创新能力是在不断变化的，如逆水行舟不进则退。国际金融危机之后，世界各国高度重视科技创新在经济发展中的作用，我国更不能松懈。从创新投入看，“十一五”期间我国的R&D/GDP年均提高0.07个百分点，远低于0.13的预期增速；从国际上看，欧盟（15国）用了28年的时间才从1.6%提高到2%。可见，我国迈进创新驱动经济发展阶段仍面临巨大挑战。
从创新人员投入看，我国面临着深层次的人才结构问题。发达国家基本形成比较合理的人才结构体系，如美国30—50岁的人员约占其科学与工程领域就业人员的60%，30岁以下人员约占15%。而我国的科技人员队伍是在1999年高校扩招以后迅速壮大起来的，科技人力资源总量中30岁以下的比重高达62%。在这种年轻人才占主体的情况下，人才培养和利用方式需要有别于发达国家并不断调整和完善。
从科技产出看，虽然我国SCI论文数量已居世界第2位，但是论文被引次数仅居第8位，10年篇均被引用次数仅为5.87次，与世界平均10.57次相比还有较大差距。我国国内发明专利申请量和授权量早已超过许多发达国家，但是目前在我国的全部有效发明专利中，由国外企业持有的专利数量仍占一半；国内发明专利中近三分之一被“三资”企业所拥有；在国内发明专利申请和授权量最多的10家企业中，内资企业仅占一半。在为我国科技投入产出规模大幅攀升而欢呼之时，应该更加关注隐藏在这些科技统计指标里的结构性问题。因为改善科技投入产出的结构远比扩大科技投入产出规模难得多。
企业创新能力总体偏低，学术研究体制机制尚不完善
近年来，企业在国家创新体系中的主体地位显著增强，成为支撑中国研发投入快速增长的主要力量。开展R&D活动的规模以上工业企业超过3.7万家，企业设立的研发机构数量达到3.13万个。2011年企业R&D经费占全国R&D经费的75.7%。一批创新型企业脱颖而出，成为引领创新发展的行业龙头。据英国商业、创新与技能部《R&D记分牌》提供的数据，2010年，中国已有华为、中兴通信、比亚迪、中芯国际等20家企业跻身世界研发千强行列，上榜企业数量居各国（地区）第9位。