虽然企业已经成为我国科技投入的主体，但还未真正成为技术创新的主体。截至2010年，全国大中型工业企业中，仍有71.7%的企业未开展研发活动，企业R&D经费占主营业务收入的比重为0.93%，而欧美日发达国家已普遍达到2%以上。中共中央、国务院《关于深化科技体制改革加快国家创新体系建设的意见》提出，到2015年大中型工业企业的这一比例要达到1.5%，为此，“十二五”期间年均增幅必须达到0.11个百分点以上。但实际情况是“十一五”期间这一比例年均增幅仅为0.03个百分点，可见实现1.5%的发展目标，其任务是多么艰巨。
我国企业模仿创新居多，原始创新活动很少。例如，2011年我国6579亿元企业R&D经费支出中，科学研究（基础研究和应用研究）经费为198亿元，仅占3%，比“十一五”末期下降了5个百分点，而世界主要国家企业R&D支出中科学研究所占比重普遍在20%以上。与企业相比，我国政府科研机构在原始创新、战略高技术研发方面具有较强实力，但在社会公益类研究方面仍显不足。此外，高等学校研究人员缺乏稳定科研经费支持，不能专心从事基础研究工作；市场化运作的新型科技服务企业发展迟缓。总体看，建设一个高质高效的国家创新体系还面临诸多挑战。
高技术产业经济效益增长乏力，结构性问题十分突出
高技术企业是调整产业结构、提高国家竞争力的生力军。10年来高技术企业的发展壮大有力推动了我国产业经济转型升级。2007年我国高技术产业增加值已超越日本，仅次于美国，居世界第2位。2010年我国高技术产业增加值占制造业的比重为13%，已与德国（12.8%）、法国（14%）及日本（15.4%）的水平相当。根据联合国商品贸易统计数据，我国高技术产品出口额已经占全球总额的20%，遥遥领先于美、德、日等国家而居世界首位。高新技术产业开发区已经成为汇聚高新技术企业、促进区域经济发展的重要力量，高新区生产总值已占国内生产总值的8%，具备了从产业聚集区向产业创新区转变的条件，北京中关村、上海张江、武汉东湖等国家自主创新示范区在提高自主创新能力、创新型国家建设进程中发挥重要作用。
尽管我国高技术产业规模已经世界领先，但其创新能力弱、经济效益差以及“三资”企业比重高等结构性特点一直未变，高技术企业集聚的高新区亟待从生产集群向创新集群转变。2011年，我国高技术产业R&D强度（R&D经费/工业总产值）为1.63%，与制造业平均水平相比并无明显差距；发达国家这一比值已普遍在5%以上，均为制造业平均水平的3—4倍以上。我国高技术产业研发投入强度仅能满足产业发展一般需求，自主创新能力不足导致高技术产业关键技术受制于人的状况短期内难以扭转。
同时，我国高技术产业经济效益状况不容乐观，产值利税率、销售利润率、人均利税、劳动生产率4项指标相继在2002年、2003年、2006年和2010年低于制造业总体水平。我国高技术产业无论是在获利能力、劳动效率还是税收贡献方面，都已经落后于制造业平均水平。按总产值计算，高技术产业中“三资”企业所占比重大约为2/3，“三资”企业的产品出口占我国高技术产品出口总额的60%以上，造就了中国作为世界高技术产品制造工厂的地位，但产业核心技术、关键设备以及市场需求均在海外，从而受制于人。如何增强高技术企业自主创新能力，提升高技术产业技术水平和产业经济效益，我国仍有很长的路要走。
提高科技创新能力的政策建议
优化科技资源结构。我国科技投入强度（R&D/GDP）正处于1%—2%之间的胶着增长阶段，远远落后于发达国家，科技投入的累积效应还没有充分体现出来。政府必须继续增加投入规模，引导企业投资于创新活动。在保证R&D/GDP稳步提高的同时，更加关注资源投入的强度和结构问题。应着重加大对基础研究和应用研究的投入，增强科学研究在R&D投入中的比重，扭转我国这一比重长期低于发达国家20个百分点的现状，增强国家原始创新能力。