生产条件差，投入水平较低。食用菌生产是一项高投入、高产出的设施农业，农民在生产中缺乏资金投入，设施落后，生产中的温、湿、光、气等环境要求难于控制，生产水平低下。
基地规模小，标准化程度低。商洛食用菌总体产量不小，但生产以农民自发生产经营为基础，基地规模小，生产分散，标准化生产不足，产品档次较低，深加工体系滞后，没有健全、上规模的食用菌加工企业，导致产品附加值比较低，大部分初级产品直接销售给客商。
科技水平不高，服务体系不健全。菇农栽培设施、栽培技术和发展模式陈旧，加工、包装能力较弱，技术推广体系不健全，新品种、新技术较难得到快速应用和普及。
无专业市场，缺乏龙头企业带动。商洛虽是食用菌生产大市，但无一个专业交易市场，没有建立完整的线上线下销售体系，掌握不了市场定价权，影响产业进一步发展。
缺乏影响力较大的本土食用菌品牌，不能充分发挥品牌效应。
推广循环模式
食用菌是我市的传统产业，长期以来仍以传统的家庭经营为主体，生产分散，组织化程度低，产业效益难以充分体现，生产方式已不适应产业发展趋势与要求。2012年，我市在大量调研的基础上，探索总结出“百万袋”循环生产模式。即以行政或较大的自然村为单元，依托一个专业合作社或龙头企业，建设一条专业化菌包生产线，采取“工厂式菌包专业化生产+农户分散出菇管理”的生产方式组织生产，实行“七统一分”(合作社或企业统一原料采购、统一优良菌种、统一菌包制作、统一接种、统一技术指导、统一技术标准、统一产品回收，农户分散出菇管理)，带动100个农户，每户种植不少于1万袋，实现年产值1000万元，户均纯收入4-6万元。“百万袋”循环生产模式是将食用菌工厂化生产趋势与我市现阶段生产力水平科学结合的一次创新，是解决移民搬迁户生活来源的有效途径，是加快传统生产方式转变的有效抓手，实现农林废弃物资源化利用，促进食用菌产业可持续发展和农民持续增收。
为加快“百万袋”循环生产模式推广，推进我市食用菌产业转型升级，引进成套加工设备，研究设计出食用菌专业化菌包生产线和专业化接种生产线，积极引导专业合作社(龙头企业)成套引进、购置自动拌料机、自动装袋机、液体菌种发酵罐、空气净化台等菌料生产加工设备，加快提高生产质量和生产效率。大力推广农林废弃物代料栽培，在“百万袋”示范基地普及应用关中苹果锯末代料栽培生产技术，同时积极开展桑枝条、栗苞、药渣、玉米芯等本地农林废弃物再利用的技术研发，大力推广农林废弃物代料栽培技术，保护和节约森林资源。加快专业化生产线建设，结合省级设施蔬菜工程项目实施，在设施食用菌示范县、示范镇、食用菌示范园项目区示范建立食用菌专业化生产线，累计建成洛南高耀、丹凤武关、山阳高坝、商南富水、柞水下梁等“百万袋”循环生产模式示范基地25个，加速了优势产区由传统的家庭分户生产向专业化、规模化、工厂化发展转变。和移民搬迁紧密联系，各地把发展食用菌作为移民搬迁户提高经济收入的主导产业来抓，在集中安置区大力推广食用菌“百万袋”循环生产模式推广，有效解决了搬迁户的生活来源和就业问题，实现了移民“搬得出、住得好、能致富”的目标，目前在山阳县高坝镇、洛南县高耀镇、丹凤县竹林关镇等移民搬迁安置区效果显著。
发展前景广阔
市农业局副局长叶赟介绍，食用菌生产具有“高产、优质、高效、生态、安全、循环”的产业特点，对于促进农业增效、农民增收、农业供给侧改革具有十分重要的意义，我市是食用菌的最佳适生区，产业发展前景广阔。我市正在大力宣传、积极引导，推广利用苹果树锯末、农作物秸秆等农林废弃物替代技术，力促食用菌产业实现生态循环发展。食用菌菌包工厂化生产符合食用菌产业发展趋势，是传统生产向现代农业转型升级的必然方向，也是食用菌实现标准化的必由之路。我市今后要大力推广“百万袋”这种半工厂化生产模式，由企业专业化、规模化制作菌包，销售给农户，农户按标准化技术要求进行出菇管理，产品销往市场或由企业回收。“百万袋”模式可以有效改变农户砍伐林木的不可持续的发展方式，充分实现企业资金、技术、管理、市场优势与农户劳动力、场地优势的互补，加快食用菌由传统农户分散生产方式向基地化、规模化、标准化、园区化、生态化发展模式转变。下一步，我市还要调整优化菌业结构，加快发展地栽黑木耳，积极发展袖珍菇、双孢菇、白灵菇、羊肚菌等珍稀草腐菌种，改变香菇“一菇独大”的局面。同时，大力发展食用菌精深加工，延伸产业链，提高产品附加值。推动建立香菇专业交易市场和专业网店，线上线下共同发力，提升商洛香菇在市场定价的发言权。着力打造“商洛香菇”国家地理标志保护商标和区域公用品牌，提升品牌的市场知名度和美誉度，积极扩大品牌效应，提升市场份额，并逐步走向出口，逐步把食用菌产业作为产业精准扶贫、精准脱贫的最主要项目，切实发挥其应有的作用。