高校财务常出问题，也是一把手或者分管领导说一不二所致。“国内不少高校一直号称要建设世界一流大学，可是，在国外大学普遍实行年报制度，向公众公开学校的财务情况时，我国高校的财务情况却被领导当机密一样‘严把’着。近年来，对于高校财务收支，舆论也一直要求公开透明，但迄今为止，我国没有一所高校详细公布自己的收入情况和开支情况。”
高校招生的腐败问题，也是如此。“5%自主招生、艺术特长生招生、体育特长生招生、1%的机动名额、120%的投档比例，这些被认为是高校招生中最容易出事的地方。为何出事？就是因为领导们可以动用手中的权力，决定将这些机会给谁还是不给谁。”
“说到底，高校的腐败，主要在于学校没有民主管理制度，权力包括行政权和学术权过分集中于校领导。要严把目前高校腐败高发的几个关口，推进高校民主管理才是根本。而这，就要求建立现代大学制度。”熊丙奇说。
熊丙奇认为，在现代大学制度中，办学权、教育权和受教育权有明晰的权责界限。高校自主办学、学术自治、教授治校、学生自治，领导的权力将局限为行政权，有关重大工程建设的决策，将由学校理事会或董事会作出，学校行政领导只负责执行；有关财务管理，将由学校理事会或董事会进行预算，将有独立的校外审计机构进行审计，将向师生进行年度报告；有关招生的决策，将由负责教育事务的教授制订评价标准并执行评价，学校领导如果动用手中权力谋求私利，或可招致严重的信任危机，并可被理事会或董事会罢免。
“在这样的制度下，教育腐败或许还会发生，但是决然不会高发。而且，一旦发生，腐败者也难潜水过关，他们将为腐败付出沉重的代价，他们的教育与学术生命也将由此中止。”熊丙奇说。